К 1170 г. главный фасад, пронзённый тремя порталами, снова был переделан: центральный портал, посвящённый Сен-Ромену (ныне не существует), и два боковых, посвящённых Сен-Жану и Сен-Этьену. Работы продолжались с демонтажём романского нефа и повышения первых пролётов нефа, начатого в 1185 г. архиепископом Готье де Кутанком. Трансепт и хор всё ещё оставались открытыми для посещений. В ночь на Пасху 1200 г. пожар уничтожил собор, но сохранились недавно построенные башни, фасад и новые пролёты нефа. Благодаря пожертвованиям английского короля Иоанна Безземельного (1199–1216 гг.) архиепископ Готье начал работу по увеличению высоты Руанского собора. Предусматривалось увеличение хора, расширение и выравнивание склепа. В 1204 г. французский король Филипп II Август (1180–1223 гг.) принял участие в праздновании, которое проходило в восстановленном нефе. Хоры собора должны были использоваться и в 1206 г., потому что это был год освящения епископа Байя Робера Аблежа. С 1214 г. Энгерран, сменивший Жана д'Андели, работал над осевой часовней. Строительство хора велось и в 1220 г. Неф был закончен в 1234–1237 гг. с последними трапецеидальными искажениями каменщика Дюрана. В 1237 г. собор был освящён архиепископом Пьером Колмье, а в 1265–1275 гг. к притворам нефа под давлением братств и корпораций были добавлены часовни. Боковая стенка была разрушена, но восстановлена в четырёх метрах от опоры контрфорсы. В этот период был построен и монастырь во дворе Альбан, из которого была закончена только восточная галерея, располагавшаяся выше просторных помещений. На месте двора Альбан колледж, основанный в XIII в. архиепископом Пьером де Кольмие, впоследствии названного кардиналом-епископом Альбан. В 1302 г. Гийом де Флавакур решил построить новую осевую часовню, посвящённую Деве Марии (более просторную в плане). Работы над западным фасадом начались в 1370 г. и должны были закончиться к 1450 г. Затем строились арки, заполненные более чем 60-ю статуями. Дженсон Сальвартр заменил окна собора на более высокие, чтобы было больше света. Новые витражи – это произведение Жана де Сенлиса. Гийом Понтиф, который стал руководителем работ в Руанском соборе в 1462 г., продолжил работу Дженсона Сальвартра и Жоффруа Ришье в плане реконструкции окон здания северной поперечины трансепта. Он также закончил в 1468–1478 гг. Сен-Роменскую башню, покрыв её шифером с изогнутыми сторонами. Здесь было девять колоколов, к которым были добавлены ещё два: в 1467 г. Марией д'Эстутевиль, а в 1470 г. – Гийомом, что дало башне название «одиннадцать колоколов башни». В 1477–1479 гг. Гийом Понтиф возобновил полную библиотеку канонов, созданную Дженсоном Сальвартром, и построил «лестницу книготорговцев», что позволило в 1479 г. получить доступ из трансепта собора. Передние ворота суда были завершены в 1484 г. Поскольку западный фасад зрительно нарушал равновесие единственным присутствием Сен-Роменской башни, то Гийом Понтиф в конце 1485 г. начал строить башню на юге фасада (Масляную башню) под руководством архиепископа Роббера де Круасмара (она строилась на деньги, полученные от индульгенций, дающих право употреблять молочные продукты в течение поста). В 1506 г. Жак Ле Ру закончил строить башню Берр (только её венец остался незаконченным).