В столице Холмский архиерей встретился с обер-прокурором Синода Константином Петровичем Победоносцевым, который откровенно признался ему, что обер-прокуратура «не предусмотрела» необходимости заранее сообщить духовенству о готовившемся законе. Холмская делегация во главе с архиереем была принята царской четой. Услышавший рассказы о религиозной смуте, вызванной обнародованием закона о свободе вероисповедания, император Николай II, по воспоминаниям владыки, со скорбью сказал: «Кто бы мог подумать! Такой прекрасный указ – и такие последствия...». По мнению критиков «справа», указ «Об укреплении начал веротерпимости» не только усложнял православным пастырям решение религиозных задач, заставляя бороться с католической пропагандой, до тех пор сдерживавшейся силой власти, но и ослаблял политические позиции имперских властей в Западном крае. Об этом ярко свидетельствовала статья редактора-издателя газеты «Московские ведомости» Владимира Андреевича Грингмута о Подляшье (приграничная с польской территорией местность), которое после выхода указа «Об укреплении начал веротерпимости» особенно подверглось «яростной полонизации». Автор утверждал, что в Западном крае ущемлялась православная вера, и торжествовал католицизм. По мнению В.А. Грингмута, всё это совершалось «во имя “веротерпимости”, во имя “религиозной свободы!”». Эта статья была специально послана императору Николаю II в надежде инициировать корректировки указа, т.к. его положения вели к ослаблению русского влияния в местах, где большинство составляли не православные, а католики. Вину за принятие этого указа возлагали на либеральное крыло в правительстве. Так, хозяйка «правого» политического салона, супруга старосты Исаакиевского собора Александра Викторовна Богданович, по словам члена Государственного совета Александра Семёновича Стишинского, утверждала, «что виновен в указе о веротерпимости Витте». В то же время указ вызывал и критику «слева». Так, в российской либеральной газете «Право» отмечалось, что в дарованной правительством свободе провозглашалась «далеко не полная веротерпимость, далеко не полная свобода совести», которой пользовались развитые европейские страны и которой «страстно добивались лучшие люди русского общества и народа в течение долгих-долгих лет». Тем не менее, указ признавался «первой серьёзной уступкой в деле свободы духа» и «первым серьёзным уроном политики насилия над совестью человека и грубого вмешательства в интимную область веры». Он официально провозглашал «свободу религиозной мысли, хотя и с крупными, существенными урезками». Многим церковным деятелям было очевидно, что с принятием указа «Об укреплении начал веротерпимости» необходимо срочно проводить изменения и во внутренней церковной организации. В конце марта 1905 г. в академическом журнале «Церковный вестник» появилась статья, посвящённая вопросу веротерпимости. В ней заявлялось, что «в настоящее время» этот вопрос не только поставлен, но, «можно сказать, уже решён».