На утверждение, что он явился на Собор без разрешения короля, Никифор ответил ссылкой на грамоты, в которых говорилось, что на Собор может свободно приехать каждый человек «греческой религии». Выступления Никифора состоялись перед группой сенаторов, назначенных королём. Князь К.К. Острожский добивался, чтобы дело Никифора рассматривала и принимала решение верхняя палата сейма – сенат, но Сигизмунд III этого не допустил. Завершился процесс в конце марта 1597 г., после окончания сейма. Дело снова разбирала группа сенаторов, в состав которой входили несколько католических епископов и Ян. Замойский. От этих лиц нельзя было ожидать оправдания Никифора. Сохранилась запись выступления прокуратора (аналог современного адвоката), который подвёл определённые итоги расследованию. Прокуратор отметил, что «справы духовные» не подлежат юрисдикции светского суда, равно как и поступки, совершённые Никифором за пределами Речи Посполитой и не затрагивающие её интересов, не могут быть предметом судебного разбирательства. Суд мог бы рассмотреть лишь два обвинения: в посылке писем с враждебными высказываниями о Речи Посполитой; в участии в посольстве к Синан-паше, связанном с заключением польско-османского соглашения. Однако связь писем с Никифором не доказана, а к Синан-паше он ездил по просьбе господаря и бояр. Таким образом, представить доказательства обвинений, выдвинутых против Никифора, не удалось. Выход королём был найден благодаря заявлениям молдавских послов, которые обязались представить новые свидетельства вредной деятельности Никифора. Король распорядился задержать Никифора до поступления этих сведений, и он оказался в тюрьме в Мальборке. Прилагались усилия к освобождению Никифора. Исследователям известно о ходатайствах Мелетия Пигаса, валашского господаря Михая Храброго и султана. На сейме 1598 г. было заключено соглашение между князем К.К. Острожским и Яном Замойским, одним из условий которого было освобождение Никифора из тюрьмы в Мальборке (Ян Замойский был мальборкским старостой), но Ян Замойский не захотел или не смог выполнить это условие. Никифор умер в Мальборке в 1599 г. Власти Речи Посполитой смогли оставить православных в трудное для них время без умелого и авторитетного руководителя, но добиться его осуждения и тем самым дискредитации решений православного Собора в Бресте благодаря мужеству Никифора не удалось. Никифор был канонизирован Священным Синодом Украинской церкви как местночтимый святой с установлением памяти ему 6(19) октября. Чин прославления 28 октября 2001 г. во львовском Георгиевском кафедральном соборе совершил по благословению патриарха Московского и всея Руси Алексия II Киевский и всея Украины митрополит Владимир (Сабодан). Имя Никифора вошло в Собор Галицких святых (празднование Собору установлено Синодом Русской православной церкви 3 апреля 2001 г.). 31 января 2002 г. Белорусский синод причислил Никифора к лику местночтимых святых в составе Собора Белорусских святых (празднование Собору установлено 3 апреля 1984 г.).