В «Лаптевском томе» «Лицевого летописного свода» 1570 гг. (Российская национальная библиотека) проиллюстрирована церковная и дипломатическая деятельность Никифора II, назначение им архиереев и примирение князей. Миниатюры с образом Никифора II составляют короткие циклы – из двух–пяти изображений. Никифор II представлен старцем с недлинной седой клиновидной бородой. Чаще всего он облачён в рясу, мантию (с источниками или без них), чёрный клобук с воскрилиями. На миниатюрах, иллюстрирующих поставление епископов, на митрополите богослужебное архиерейское облачение: саккос, подризник, омофор и шапка с опушкой (или голова Никифора II не покрыта). Сюжет пяти миниатюр (Российская национальная библиотека) – история поставления на Ростовскую кафедру епископа Луки (игумена киевского Спасо-Берестова монастыря) после неоднократных просьб Владимирского князя Всеволода Юрьевича Большое Гнездо. Сюжет развивается следующим образом: Никифор II беседует с послами князя Всеволода Юрьевича Большое Гнездо, которые просят его поставить игумена Луку епископом в Ростов; отправляет вместо Луки на Ростовскую кафедру «Николу гречина», которого князь не принял; выслушивает повторную просьбу князя, получившего поддержку великого князя Киевского Святослава Всеволодовича. Завершается цикл миниатюрой поставления Луки «епископом Ростову и Суздалю и Владимерю, и всеи земли Ростовскои»: в интерьере церкви справа Никифор II в парадном облачении, с Евангелием в левой руке, правой рукой благословляет склонившегося перед ним Луку, над головой которого диаконы держат развёрнутый свиток. Более кратко в своде представлены сюжеты утверждения Киевским митрополитом на Новгородскую кафедру Гавриила (Российская национальная библиотека) и на Ростово-Суздальскую – Иоанна (Российская национальная библиотека). Под 1198 г. помещена миниатюра, иллюстрирующая поставление Павла во епископа Переяславля Русского (Российская национальная библиотека). Имя митрополита, совершающего хиротонию, в сопровождающем тексте не названо, однако, вероятно, здесь также изображён Никифор II. Отдельной темой на миниатюрах свода стало духовное наставничество Никифора II в отношении Киевского князя Рюрика Ростиславича во время княжеских усобиц. На одной из миниатюр Никифор II разрешает князю Рюрику Ростиславичу нарушить крестоцелование и даёт совет о распределении волостей между князьями (Российская национальная библиотека): князь и митрополит, обращённые друг к другу, представлены на фоне городских палат в сопровождении свиты. Никифор II изображён справа с благословляющим жестом, на нём светло-оливковая ряса и зеленовато-оливковая мантия с красно-белыми источниками, на голове белый клобук (редкая деталь для миниатюр «Лицевого летописного свода»). Кроме того, митрополит изображён в качестве миротворца и в рассказе о противостоянии князя Рюрика Ростиславича и его зятя Владимиро-Волынского князя Романа Мстиславича, благодаря Никифору II князья заключили мир и утвердили «его святым и животворящим Крестом» (Российская национальная библиотека).