Около 1063 г. дож Доменико Контарини начал столь существенную реконструкцию базилики, что уместнее говорить о возведении новой, третьей по счёту, церкви Святого Марка. Все эти изменения и отсутствие достоверных сведений привели к тому, что избранный дожем в 1084 г. Витале Фальер не знал места нахождения святыни. Достойно удивления и то, что за более чем столетие не были произведены поиски святыни. Наконец, правительство, народ и клир города всей душой пожелали вновь обрести святые мощи, тем более что строительство третьего храма подошло к концу, и обретение мощей было бы кульминацией сооружения новой базилики и её освящением. По всему городу был объявлен пост, повсюду совершались молитвы, чтобы святой Марк снова явил свои мощи. Пишут, что 25 июня 1094 г. во время торжественного крестного хода и моления в базилике венецианцы стали свидетелями чуда: от одной из пилястр центральной части храма отпала часть мраморной плиты, и все увидели бронзовую раку с мощами апостола. По преданию, это была та пилястра, которая расположена в северной части собора, справа от нынешнего иконостаса храма. На её внешней части, справа, видна прямоугольная плита из цветного камня, а в середине виднеется небольшая мозаика с изображением креста. Именно отсюда были взяты мощи. После второго обретения святыни и краткого выставления её для всеобщего поклонения, её снова скрыли. В этот раз о её местонахождении знал более широкий круг лиц: кроме дожа и настоятеля базилики в него вошли ещё так называемые прокураторы церкви святого Марка, имевшие в своей ответственности заботу о храме и его поддержании в надлежащем техническом состоянии. По свидетельствам очевидцев перезахоронения и освидетельствования мощей тело Марка осталось нетленным. Народное предание гласит, что в момент обретения мощей из бронзовой раки показалась рука святого с надетым на ней золотым перстнем. Затем рука снова исчезла. Некий знатный человек стал молить святого позволить взять его себе как драгоценную реликвию. Тогда Марк снова показал свою руку, и сенатор благоговейно принял кольцо. Император Священной Римской империи Генрих IV (1050–1106 гг.) сразу же после получения известия об обретении мощей прибыл для поклонения святыне и приказал выбить памятную монету в честь этого события. В течение последующих столетий римские папы и светские правители Запада, посещая Венецию, неизменно чтили мощи святого апостола и евангелиста, как главную святыню города. Религиозное почитание выражалось во множестве пожертвований деньгами, утварью и редкими строительными материалами, благодаря чему церковь ещё в древности приобрела свой незабываемый, ни на что не похожий стиль. В 1094 г. мощи положили в крипту церкви Сан Марко, однако точное их нахождение было скрыто. В 1400 гг. крипту закрыли для богослужений и посещений и открыли только в 1813 г. после падения республики и наполеоновского владычества. Мощи были извлечены из места, в котором они были спрятаны, и после реставрации раки около 1840 г. были положены под престолом главного алтаря, где они хранятся поныне.