Исходя из амбитуса песнопений, зачастую не соответствующих заданным теоретической традицией параметрам автентических ладов и плагальных ладов, Маркетто Падуанский создаёт разветвлённую классификацию, разделяя лады на «совершенные» («perfectus»), «несовершенные» («imperfectus»), «сверхсовершенные» («plusquamperfectus»), «объединённые» («mixtus»), «смешанные» («commixtus»). Категория «смешанного» лада («tonus commixtus») связана уже не с внешними изменениями границ амбитуса лада, а с внутренними переменами в звукоряде. На примере разных способов «разбивки» (термин С.Н. Лебедева) – «interruptio» – одного из видов квинты Маркетто Падуанский показал возможность появления этого интервала в границах разных ладов. Трактат «Pomerium in arte musicae mensuratae», посвящённый проблемам мензуральной нотации и ритмики, состоит из трёх книг, разделённых на главы. Вклад Маркетто Падуанского (входящего в «большую тройку» мензуралистов XIV в. наряду с Филиппом де Витри и Иоанном де Мурисом) в теорию музыки состоит в систематизации мензурального учения периода Франко Кёльнского и его последователей, переносе этого учения на итальянскую почву и установлении принципов итальянской мензуральной нотации. Подобно Филиппу де Витри, Маркетто Падуанский уравнял в правах двойное и тройное деления бревиса, а также выстроил оригинальную систему делений темпуса (divisiones), фактически представляющую собой возможные сочетания мензур собственно темпуса и уже существующей de facto пролации (т.е. деления семибревиса), которая, однако, не имеет ещё статуса самостоятельной мензуры (нет у Маркетто Падуанского и термина «prolatio»). Музыкально-теоретическая традиция трактата «Pomerium...», ставшая основой итальянской мензуральной теории эпохи Треченто, была подхвачена и в каком-то смысле завершена другим значительным итальянским теоретиком (Просдочимо де Бельдоманди) в XV в. Среди других последователей идей Маркетто Падуанского (прежде всего, в ладовой теории) такие известные исследователям теоретики XV–XVI вв., как Уголино из Орвието, Иоанн Тинкторий, Иоанн Галльский, Николо Бурцио, Франкин Гафурий, Бонавентура да Брешиа, Джованни Ланфранко, Пьетро Арон и др. По мнению Джоаннеса Герлингера, Маркетто Падуанского можно назвать самым влиятельным музыкальным теоретиком в Италии в период между Гвидо Аретинским и Иоанном Тинкторисом.