Трактат «Lucidarium in arte musice plane» состоит из 16 частей, названных Маркетто Падуанским трактатами (tractatus), половина из которых разделена на главы (capitula). Маркетто Падуанский старается охватить максимально широкий круг тем, связанных с григорианским пением (musica plana, или cantus planus). При этом, как отмечают исследователи, несмотря на заявленную в названии направленность трактата на одноголосие григорианики, «Lucidarium...» знаменит своим учением о гармонии (конкретнее, об интервалах) и связанной с ним теорией хроматики – первой целостной концепцией этого явления в средневековых трактатах. По замечанию Сергея Николаевича Лебедева, Маркетто Падуанский первым в истории музыки обозначил взаимозависимость интервалов друг от друга, выраженную в тяготении (tendendum) диссонанса к консонансу. Украшенный хроматизмом диссонанс ещё ярче оттеняет «более совершенный и красивый» консонанс. Для более тесного сопряжения интервалов (т.е. не просто «ради красоты» («causa pulchritudinis»), но и «ради необходимости» («causa necessitatis»)) Маркетто Падуанский представил новый способ соединения полутонов в тоне, связанный с его необычной теорией деления тона на пять частей (пятая часть тона Маркетто Падуанский называл диесой). Помимо традиционного пифагорейского разделения тона на большой (апотома, «диатонический полутон», три диесы) и малый (лимма, «энармонический полутон», две диесы) полутоны Маркетто Падуанский вводит новое деление на «хроматический полутон» (четыре пятых тона) и «диесу». Для обозначения хроматизмов в музыке Маркетто Падуанский предлагает новый термин «пермутация» («permutatio»), а для введённого им способа разделения тона – знак «ложная музыка» («falsa musica»), графическое начертание которого он объяснил позже в трактате «Pomerium...». Трактатом «Lucidarium...» Маркетто Падуанский внёс значительный вклад в теорию модальных ладов. Пытаясь разрешить актуальную для средневековой теории проблему ладовой атрибуции песнопений, Маркетто Падуанский предложил ряд её оригинальных решений. При определении лада песнопения Маркетто Падуанский большее внимание уделяет так называемым видам (species) кварты и квинты (по-разному заполненные, они составляют звукоряды ладов), чем финалису и амбитусу песнопений. При этом в зависимости от ориентации видов кварты и квинты на финалис или конфиналис (пятая ступень вверху от финалиса) он разделяет лады песнопений на «правильные» («regularis», заканчивающиеся в финалисе, т.е. нетранспонированные), «неправильные» («irregularis», заканчивающиеся в конфиналисе, т.е. транспонированные на квинту вверх) и «выстроенные» («acquisitus», заканчивающиеся на других звуках, т.е. не в финалисе и конфиналисе, а транспонированные на другую высоту, например, как в причастном антифоне «Beatus servus», на кварту вверх).