Реакцией королевы на столь радикальные идеи стала «Прокламация против известных мятежных и раскольнических книг и клеветы» («A Proclamation against certaine seditious and Schismatical Bookes and Libels», 13 февраля 1589 г.): «…В последние годы личности, враждебные королеве и установленному церковному порядку, замыслили, написали, издали и тайно распространили мятежные, раскольничьи книги и другие фантастические писания, содержащие ошибочную доктрину, заведомо неверную, позорящую государство, выступающую против благочестивой реформации религии и церковного управления, установленного законом». Активное противодействие распространению трактатов оказал Ричард Банкрофт (епископ Лондонский, 1597–1604 гг., архиепископ Кентерберийский, 1604–1610 гг.), который сумел установить местонахождение подпольной типографии и дал показания в Звёздной палате против задержанных по этому делу. 9 февраля 1589 г. он прочитал проповедь («A Sermon Preached at Paules Crosse», опубликована в 1589 г.), содержащую ответы авторам памфлетов. В 1589 г. был опубликован анонимный трактат «Ум Мартина Монта» («Martin's Month's Mind»; некоторые исследователи приписывают трактат Томасу Нэшу), направленный против «Мартина Марпелата Трактатов» и начавший так называемую войну трактатов. В нём говорилось, что всё зло – с севера («ab aquilone omne malum»); исследователи полагают, что автор хотел связать «Мартина Марпелата Трактаты» с сочинениями шотландцев-пресвитериан. Ответом на сатиры стало также «Предостережение людям Англии» («Admonition to the People of England», 1589 г.), написанное Томасом Купером, епископом Уинчестерским (упоминается в одном из памфлетов). Впоследствии власти привлекли к полемике известных писателей – Джона Лили («Pappe with an hatchet, alias a figge for my Godsonne», 1589 г.), Томаса Нэша («The Anatomie of Absurditie», 1589 г.), Р. Грина («Quip for an Upstart Courtier», 1592 г.), получивших от архиепископа Кентерберийского и правительственных кругов задание вступить в литературную полемику с авторами «Мартина Марпелата Трактатов». Исследователи полагают, что пародией на Марпрелата был образ малограмотного, но исполненного рвения сельского священника Оливера Путаника в комедии Уильяма Шекспира (симпатизировавшего католикам) «Как вам это понравится» (1599 г.). Во время Английской революции «Мартина Марпелата Трактаты» не только были переизданы (1641, 1643 гг.), но и стали образцом для подражания. Так, в 1645 г. были опубликованы четыре трактата, подписанные «Yongue Martin Marpriest». Трактаты сыграли значительную роль в оформлении и распространении пресвитерианских идей и как образцы блестящей английской сатиры оказали влияние на литературу елизаветинской эпохи.