Сразу после рукоположения он запретил частную проповедническую деятельность, предписал священникам строгое соблюдение церковной дисциплины и необходимость подтверждения лояльности к королеве, верность положениям «Тридцати девяти статей» и «Книге общих молитв». В 1584 г. Джон Уитгифт возобновил деятельность Высокой церковной комиссии, в 1586 г. добился постановления Звёздной палаты, которым архиепископ был уполномочен контролировать всю печатную продукцию страны. Эти действия вызвали категорическое несогласие со стороны пуритан, и «Мартина Марпелата Трактаты» стали наиболее ярким проявлением пуританско-пресвитерианской оппозиции Джону Уитгифту и Англиканской церкви. Отрицание авторитета епископата, критика англиканского священства и деспотизма правительства – центральные идеи всех «Мартина Марпелата Трактатов», остроумных и резких, отличавшихся жёсткостью высказываний в отношении епископов и богословов: «Святое папистское братство», «нетерпимые противники Реформации», «враги Евангелия», «мелкие антихристы, надменные прелаты», «ничтожные завистливые священники» и т.п. Авторы «Мартина Марпелата Трактатов» цитируют Джона Уиклифа, сравнивают длительно отсутствующих в своём приходе священников с Иудой и Симоном Волхвом, утверждают, что все государственные акты и постановления в области церковного устройства, если они не основаны на Священном Писании, внушены дьяволом. Тем не менее, «Мартина Марпелата Трактаты» предлагают компромисс на следующих условиях: слово Божье должно проповедоваться по всей Англии; должна быть предоставлена свобода выступлений против церковных злоупотреблений, облачений и других «папистских пережитков», отражённых в «Книге общих молитв»; не должны преследоваться те, кто не согласны с установленным порядком, и не следует называть их «анабаптистами, схизматиками, пуританами, врагами государства и подвергать за пустяки отлучению от церкви». Если епископы и архиепископ не примут эти условия «Мартина Марпелата Трактатов», то те, кто составили трактаты и их единомышленники, готовы перейти к решительным действиям, чтобы навредить прелатам («to mar a prelate») посредством издания книг, где будут преданы огласке все их «антихристианские» деяния. Полемические «Мартина Марпелата Трактаты» вызвали широкий резонанс в Англии и получили известность на всех уровнях общественной иерархии.