Феодор Студит, Иосиф и ещё два монаха были арестованы. Тем не менее, Феодор Студит продолжал писать письма с заверениями в своей лояльности к императору и патриарху и просил лишь об одном – чтобы ему позволили остаться при своём мнении в деле Иосифа Кафарского. Но патриарх оставался непреклонным и в январе 809 г. по его инициативе император созвал Собор. Его решения привели к кульминации конфликта. Исследователи предполагают, что постановлено было следующее: поскольку воля императора (Константина VI) была упорной, и он не поддавался убеждениям, патриарх Тарасий, используя права, принадлежащие его чину, во избежание большего ущерба для церкви применил икономию и позволил игумену Иосифу обвенчать Константина с Феодотой. Поэтому Иосиф освобождается от запрещения и может литургисать. Фессалоникийский архиепископ Иосиф низводится до пресвитерского сана по 20-му канону Трулльского Собора как служивший литургию в чужой епархии без ведома правящего архиерея. Анафема тем, кто не признают икономии святых. Исследователи отмечают, что второй брак Константина VI законным признан не был. Феодор Студит воспринял эти решения как оправдание прелюбодеяния и исключение императоров из подчинения церковным канонам и квалифицировал как «михианскую ересь», ересиархом которой провозгласил патриарха Никифора I. На этом основании он и его монахи разорвали церковное общение с патриархом. В 809–811 гг. Феодор Студит писал крайне резкие памфлеты против Тарасия и Никифора. Император, утвердивший решения Собора, не мог не отреагировать и подверг студитов ссылке. Однако ещё до отбытия в поход против болгар, оказавшийся для него роковым, Никифор I вернул из ссылки преподобных Феодора, Платона и их сторонников. С воцарением Михаила I Рангаве 2 октября 811 г. михианская схизма окончилась: император добился примирения патриарха со студитами, причём Никифор принёс извинения, обвинив во всём погибшего на войне с болгарами императора, а Феодор Студит отказался от обвинений в ереси и возобновил церковное общение с патриархом. Иосиф Кафарский был вновь запрещён в служении, а решения Собора 809 г. отменены. Отдалённые последствия михианской схизмы сказались в конфликте Константинопольского патриарха Мефодия I со студитами в 844–847 гг. Именно сочинения Феодора Студита против патриархов Тарасия и Никифора, написанные в 809–811 гг., требовал анафематствовать и уничтожить патриарх Мефодий. Хотя монахи отказались это сделать, из этих полемических трудов уцелел фактически лишь отрывок, хотя позиция Феодора Студита в те годы отразилась ещё в нескольких письмах. Основное содержание михианской схизмы состояло в попытках патриархов Тарасия и Никифора утвердить патриаршую власть в Византийской церкви и в ожесточённом сопротивлении этим попыткам определённой части византийского монашества, прежде всего, монастырей, тесно связанных со Студийской обителью в Константинополе. В первую фазу михианской схизмы большую роль играла политическая борьба внутри правящей династии. Хотя патриархам не удалось достичь всех поставленных целей, власть и авторитет патриархата несомненно укрепились. Михианская схизма и связанные с ней конфликты практически не сказались на солидарности православного сопротивления возобновлённому в 814–815 гг. иконоборчеству.