Воззвание было написано по требованию оккупационной администрации и опубликовано в нескольких издаваемых ею газетах. Мстислав Скрыпник указывал своим адресатам среди националистов: «Редакция воззвания Мануила является неудачной, а опубликование его в прессе является несвоевременным, и даже, возможно, вредным, поскольку там утверждаются, при этом авторитетно, неправдивые факты». В действительности, заявлял Мстислав Скрыпник, никаких масштабных операций националистов против немецких войск на Волыни на тот момент не было, а о мелких инцидентах следовало умалчивать. В этой связи воззвание Мануила, по мнению Мстислава Скрыпника, имело целью вызвать столкновение между немецкими властями и украинскими националистами в интересах их врагов, прежде всего, СССР. Фактически Мстислав Скрыпник обвинял Мануила в том, что тот является просоветским деятелем, выступающим с воззваниями провокационного содержания (Центральный государственный архив высших органов власти и управления Украины). Согласно воспоминаниям священника Тита Яковкевича, вскоре после праздника Успения Пресвятой Богородицы, т.е. в самом конце августа или в начале сентября 1943 г., Мануил был схвачен ночью в архиерейском доме во Владимир-Волынском и увезён в один из лесных лагерей националистов в Турийском районе. Мануила заставили подписать распоряжение о передаче националистам денежных средств, однако при предъявлении в епархиальную консисторию оно не было исполнено. Тогда руководители Организации украинских националистов (ОУН) и Украинской повстанческой армии (УПА) решили устроить над Мануилом подобие суда по обвинению в «измене украинскому народу». Согласно документам службы безопасности ОУН, Мануил признался (видимо, под пытками) в написании доносов немецким оккупационным властям на ряд лиц. Сохранившиеся в архивах образцы этих документов показывают, что их автором не мог быть Мануил (тексты написаны с грамматическими ошибками и с неточностями в церковной терминологии), кроме того, упомянутые в них не были арестованы, чего следовало ожидать при реальных доносах. Очевидно, что материалы о мнимом сотрудничестве Мануила с немецкими властями были сфальсифицированы службой безопасности ОУН. Реальной виной архиерея было то, как подчёркивалось в вынесенном приговоре, что Мануил являлся «епископом Автономной Церкви, подчинённой Москве». 11 сентября 1943 г. полевой суд УПА и революционный трибунал ОУН приговорили Мануила к смертной казни. После утверждения приговора высшим руководством ОУН и УПА (и, видимо, согласования с лидерами УАПЦ) Мануил был казнён (повешен в лесу на дереве). Точное место смерти и погребения неизвестны.