В декабре 1941 г. Варшавский и всея Польши митрополит Дионисий (Валединский) объявил архиепископа Поликарпа (Сикорского) временным главой неканоничной Украинской автокефальной православной церкви (УАПЦ). Священник Михаил Тарнавский поддержал епископа Поликарпа (Сикорского), был возведён в сан протоирея и назначен в состав клира кафедрального Троицкого собора в Луцке. В начале 1942 г. архиепископ Поликарп (Сикорский) наметил его кандидатом в «епископы» УАПЦ. В марте того же года переехал в Киев, где принял монашеский постриг с именем Мануил и был возведён в сан архимандрита; служил в киевской Андреевской церкви, ставшей кафедральным собором УАПЦ. 11 мая 1942 г. неканонично рукоположённые «епископы» УАПЦ Никанор Абрамович и Игорь Губа провели в Андреевской церкви «хиротонию» Мануила во «епископа» Белоцерковского, викария Киево-Чигиринской епархии УАПЦ. В начале июля того же года Мануил порвал с УАПЦ и через покаяние воссоединился с автономной Украинской Православной Церковью (УПЦ) во главе с митрополитом Алексием (Громадским), находившейся в каноническом общении с РПЦ. Был принят в УПЦ в сане архимандрита. 4 августа (по другим данным, 22 июля) 1942 г. митрополит Алексий (Громадский) возглавил в Почаевской лавре хиротонию Мануила во епископа Владимир-Волынского, викария Волынской епархии УПЦ. На Владимир-Волынской кафедре Мануил активно боролся с раскольничьими действиями автокефалистов, обличал их в воззваниях к духовенству и мирянам, которые рассылались по епархии (впоследствии их распространение было запрещено нем. оккупационными властями). Основал при кафедральном Успенском соборе курсы по подготовке священнослужителей, организовал и возглавил комиссию по проверке кандидатов в священники. После убийства в мае 1943 г. Волынского и Житомирского митрополита Алексия (Громадского) украинскими националистами в июне того же года в Ковеле состоялся архиерейский Собор УПЦ, избравший первоиерархом епархий Волынского и Подольского церковного округа архиепископа Дамаскина (Малюту). 6 июня Собор назначил Мануила епископом Владимир-Волынским и Ковельским, вторым викарием Волынско-Житомирской епархии «с правом самостоятельного в своей области». В начале августа 1943 г. во Владимир-Волынский прибыл автокефалистский «епископ» Мстислав Скрыпник (впоследствии «первоиерарх» УАПЦ), тесно связанный с вооружёнными формированиями украинских националистов. Он потребовал от Мануила перейти к автокефалистам, угрожая расправой. Мануил отказался, что определило его дальнейшую судьбу. 27 августа того же года Мстислав Скрыпник   направил руководству украинских националистов фактический донос на Мануила. Речь в нём шла о воззвании владимир-волынского архиерея от 5 августа 1943 г. с осуждением действий против немецких властей «украинских партизанских формирований» (т.е. националистов).