В сентябре 1921 г. Д.И. Суворов покинул скит, в декабре уехал Ф.Е. Мельников. В июне 1923 г. над арестованными по делу об изготовлении листовок епископом Амфилохием (Журавлёвым) и священником Д.И. Суворовым состоялся открытый судебный процесс в Томске, оба они были приговорены к расстрелу, заменённому пятилетним заключением. (Позже в Румынии Ф.Е. Мельников писал, что его заочно судили в Томске и приговорили к расстрелу; однако заочного суда над Ф.Е. Мельниковым не было, и приговор ему не выносили.) Ф.Е. Мельников скрывался «в непроходимой сибирской тайге... в одной келейке, почти в землянке. Прожил в ней около трёх лет и именно там написал большинство своих сочинений в опровержение безбожия, которые теперь издаются мною в Румынии». В 1922 г. в этой «келейке» в тайге Ф.Е. Мельников завершил книгу «Нужна ли вера в Бога?»  – описание своего диспута с будущим председателем Союза воинствующих безбожников Емельяном Михайловичем Ярославским (Минеем Израилевичем Губельманом), который состоялся в Томске в октябре 1921 г. В 1925 г. Ф.Е. Мельников переехал на Кавказ, жил в одной из станиц на пасеке у знакомых старообрядцев. По его словам, в эти годы он ждал «вместе с миллионами русских людей, что вот-вот падёт убийственный режим безбожной власти, и настанет в стране родной свобода, и тогда явится возможность выступить с обличениями гнусного безбожия». Публицист тайно писал книгу «Спутник религиозника-христианина» в опровержение атеистической идеологии; большинство глав было украдено вместе с ульем, под крышку которого Ф.Е. Мельников прятал написанное. В этот период он поддерживал отношения со старообрядческим Кавказским епископом Викентием (Никитиным) и с близкими к нему старообрядцами. У исследователей есть основания предполагать, что в 1928 г. полемист принял участие в Соборе, который прошёл на Рогожском кладбище. В 1931 г. Ф.Е. Мельников нелегально пересёк советско-румынскую границу около села Варница (близ города Тигина (Бендеры)). По требованию румынского Управления полиции и общей безопасности написал «декларацию о положении в Советском Союзе». В 1931–1936 гг. жил в Кишинёве, работал у епископа Иннокентия (Усова) секретарём Кишинёвской епархии. В 1931 г. приступил к выпуску серии брошюр «Опровержение безбожия», написанных в форме диспута между защитником веры и проповедником атеизма. Были опубликованы следующие сочинения: «Безбожники сами верующие, хотя и бессознательно: (Непредвиденный диспут при приёме на пчеловодческие курсы в Советской России)»; «Мир, по единогласному учению великих авторитетов науки, создан Богом»; «Ответ на вопрос безбожников: откуда взялся Бог? (Беседа учителя с пионерами в Советской России)»; «Откуда произошла вера в Бога?»; «Современное безбожие, опровергаемое им самим: Марксизм и атеизм»; «О человеческой душе и её происхождении»; «Отвергает ли наука веру в Бога?»; «О безбожнических и христианских догматах, таинствах и обрядах: (Двухнедельный публичный диспут в Советской России с большевистскими миссионерами безбожия)» (в этой работе описан диспут с Николаем Ивановичем Бухариным); «Нужна ли вера в Бога?». Некоторые книги серии выдержали несколько изданий, были переведены на иностранные языки, издавались не только в Румынии, но и в Словакии, во Франции, в США, получили одобрительные отклики в русской эмигрантской периодике. Сочинение Ф.Е. Мельникова «Откуда произошла вера в Бога?» было использовано иеромонахом Амвросием (Юрасовым) при подготовке брошюры «О том, как в селе Покровском похоронили атеизм», опубликованной в 1978 г. в США под псевдонимом С. Лавров (с 1990 гг. переиздаётся под заголовком «Яко с нами Бог»).