В 1908–1918 гг. было опубликовано большое число полемических работ Ф.Е. Мельникова (частично при поддержке Союза старообрядческих начётчиков): «Публичная беседа об именословном перстосложении» (М., 1908 г.), «В защиту старообрядческой иерархии» (М., 1908–1909 гг., два выпуска), «Беседы старообрядцев Л.Ф. Пичугина, представителя беспоповцев поморского брачного согласия, и Ф.Е. Мельникова и Д.С. Варакина, представителей поповцев, приемлющих Белокриницкую иерархию» (М., 1909 г.), «Испытание и победа церкви Христовой: (К вопросу о падении и восстановлении епископства)» (М., 1910 г.), «Блуждающее богословие: Обзор вероучения господствующей церкви» (М., 1911 г., выпуск 1), «К вопросу о богословии Белокриницкого устава» (М., 1911 г.), «Возможно ли объединение старообрядчества в одну церковь» (М., 1912 г.), «Антихрист и крушение беспоповских надежд на него» (М., 1913 г.; речь Ф.Е. Мельникова в Политехническом музее 27 августа 1913 г.), «В тенетах ересей и проклятий: (К современным спорам об именах Божиих)» (М., 1913 г.), «Мои наблюдения и впечатления от поездок на миссионерские беседы» (М., 1914 г.), «Безотрадное положение современного беглопоповства: (Разложение беглопоповского пастырства)» (М., 1915 г.), «Современные запросы старообрядчеству» (М., 1915 г.) и др. В конце 1917 г. Ф.Е. Мельников уехал в Новоархангельский скит в 120 км от Томска, чтобы написать «обширную историю старообрядцев» (в 1918 г. в Москве была опубликована написанная Ф.Е. Мельниковым ранее «Краткая история древлеправославной церкви (старообрядческой)»). 20 июля 1918 г. писатель зарегистрировался в Томске в качестве депутата во Временную Сибирскую областную думу, но спустя два месяца был вычеркнут из списка её членов. 21–24 сентября 1918 г. принял участие в работе епархиального съезда Томско-Алтайской старообрядческой епархии. Исполнительному комитету съезда был поручен выпуск журнала «Сибирский старообрядец», вместе со священником Даниилом Иосифовичем Суворовым Ф.Е. Мельников стал редактором журнала (с октября 1918 г. по ноябрь 1919 г. вышло 24 номера). В 1919 г., возможно, в соавторстве со священником Даниилом Иосифовичем Суворовым, издал направленную против атеизма брошюру «Кто дурак: верующий или неверующий?», а также «Предписание епископа Иоасафа Томского и Алтайского» с призывом к объединению всех старообрядцев. Выступал с лекциями в городах Сибири (Барнаул, Новониколаевск, Колывань, Семипалатинск и др.). При отступлении войск Александра Васильевича Колчака Ф.Е. Мельников укрылся в Новоархангельском скиту. Подготовил для правительства А.В. Колчака «Временное положение о Древлеправославной церкви» и в июне 1919 г. выехал в Омск для его утверждения в Министерстве исповеданий, однако проект не был рассмотрен. С приходом Красной армии оба редактора «Сибирского старообрядца» были объявлены в розыск Алтайской ГубЧК. В 1920 г. Ф.Е. Мельников написал в Новоархангельском скиту доклад «О беспоповских браках и об рукоположении во священники из беспоповцев», предназначенный для рассмотрения на старообрядческом Соборе (статья эта исследователям неизвестна). Тогда же в скиту была завершена работа «Откуда произошла вера в Бога?». Священник Даниил Иосифович Суворов, который жил по поддельным документам, в середины февраля 1921 г. также переехал в скит, туда же перевезли типографское оборудование «Сибирского старообрядца». В скиту вместе с Д.И. Суворовым Ф.Е. Мельников приступил к изготовлению антибольшевистских листовок от имени несуществующего агитационного отдела Сибирской боевой организации. Текст писал Ф.Е. Мельников, печатал Д.И. Суворов. Листовки издавались тиражом от 60 до 100 экз. и рассылались по разным адресам, например, в редакцию иркутской газеты «Красный стрелок», в Омскую и Бийскую ЧК, Льву Давидовичу Троцкому и др. Основная часть тиража осталась в скиту.