Но поскольку учреждение опричнины в 1565 г. произошло раньше и архиерейской хиротонии Макария, и поставления во митрополита Филиппа (Колычева), то речь в Житии идёт, как полагают исследователи, о сопротивлении Филиппа (Колычева) какому-то другому царскому начинанию, для чего был созван архиерейский Собор, на котором и присутствовал Макарий. Данный Собор должен был заседать в конце ноября – начале декабря 1567 г. В годы архиерейского служения Макария в Вологде строится кафедральный Софийский собор (1568–1570 гг.); это событие нашло отражение в «Исторических сведениях о Вологодской епархии и о Пермских, Вологодских и Устюжских преосвященных архиереях митрополита Евгения (Болховитинова) с рукописными дополнениями П.И. Савваитова» (Российская национальная библиотека). В 1571 г. к епархии была присоединена северная часть Новгородской архиепископии – Подвинье, Вага, Холмогорье, Каргополь. 29 апреля 1572 г. Макарий присутствовал на церковном Соборе, разрешившем Ивану IV Васильевичу Грозному вступить в неканонический четвёртый брак. 14 сентября 1572 г. датирована отпускная грамота Макария, данная священнику Парфению Пантелеймонову. К грамоте была прикреплена черновосковая владычная печать, на одной стороне которой находилось изображение Пресвятой Богородицы с Богомладенцем, а на другой надпись: «Божиею милостию смиренный Макарие, епископ Вологоцкий и Великоперьмьский». 24 марта 1574 г. Макарий выдал жалованную грамоту Кириллову Белозерскому в честь Успения Пресвятой Богородицы мужскому монастырю. 11 марта 1575 г. заверил духовную грамоту Василия Шкуля, в иночестве Вассиана, «и печать свою велел приложити». Макарий является автором «Устава о соборной службе», составленного, как полагают исследователи, для Софийского собора в Вологде. Исследователям известен единственный список Устава (Библиотека Академии Наук; «Преосвященнаго епископа Вологоцкаго и Великопермьскаго владыкы Макария и всего честнаго его собора начало соборней службе»). В 1570 гг., в период архиерейского служения Макария или сразу после, на территории Великопермской и Вологодской епархии, насчитывалось 11 и пять приходских общин соответственно.