26 января (8 февраля) 1918 г. большевики расстреляли крестный ход у стен Митрофанова Воронежского монастыря, погибли несколько человек. В декабре того же года в губсовнархоз был представлен перечень предметов, содержащих драгоценные металлы, подписанный наместником архимандритом Александром (Кременецким), казначеем Илиодором, ризничим Никоном, экономом Вассианом и благочинным Иоанном. В списке значились 96 икон в дорогих окладах, серебряная рака весом 9 пудов 36 фунтов, серебряные сени над ракой в 23 пуда 6 фунтов. Остальные предметы перечислены без указания веса: 17 напрестольных крестов, шесть ковчегов и дарохранительниц, 102 лампады, десять кадил, 12 панагий в серебряных окладах. 3 февраля 1919 г. по требованию делегатов губернского съезда Советов была создана специальная комиссия во главе с представителем ЧК Бессмертным для вскрытия мощей святителя Митрофана, чтобы «продемонстрировать трудящимся обман церковников». Присутствовать при этом кощунственном акте заставили архиепископа Тихона (Никанорова), игумена Владимира и иеромонаха Феону. После вскрытия мощи были оставлены в монастыре. В июле 1919 г. в Митрофановом Воронежском монастыре распоряжением ГубЧК был устроен концлагерь. Около 300 узников разместили в келейном и других корпусах, но в храмах некоторое время совершались богослужения. В концлагерь перевели и заключённых местной тюрьмы. В начале октября того же года, когда в Воронеж вошли отряды Белой Армии, были обнаружены тела восьми монахов со следами жестоких истязаний (в том числе их «причащали» расплавленным оловом): иеромонахов Нектария (Иванова), Серафима, Спиридона и др. Насельники были замучены по приказу коменданта Воронежа поляка (или латыша) Павла Петровича Скрибиса. Тела убиенных монахов похоронили на монастырском кладбище, заупокойную службу совершил архиепископ Тихон (Никаноров). Убиенные монахи канонизированы в 1981 г. в сонме новомучеников Российских на Соборе Российской православной церкви за границей. В конце октября город вновь заняли отряды Красной Армии, и после небольшого перерыва концлагерь в Митрофановом Воронежском монастыре был восстановлен. В лагере существовали сапожная, слесарная, портняжная и гравёрная мастерские. В отчёте коменданта Рейзина за 27 марта – 2 апреля 1921 г. говорится: «Заключённых Митрофановского концентрационного лагеря состоит 1070 человек, 375 рабочих и 695 крестьян. За этот период прибыло в лагерь 60, освобождено до окончания срока 38. Смертельных случаев 13, бежал из расположения лагеря 1». Большинство заключённых имели небольшие сроки – от двух недель и до двух лет. Но есть упоминания о сроках от десяти лет до пожизненного.