Много времени у Макария занимала переписка и с мирянами и с монашествующими. Так, девице, искавшей советов у нескольких старцев, Макарий рекомендовал «избрать себе одного старца... и его советов слушать», «а не многих, ибо там мало пользы, где учат многие и всякий советует по-своему». Особо активную переписку Макарий вёл с инокинями Борисовской пустыни (см. Борисовский в честь Тихвинской иконы Божьей Матери женский монастырь), которые иногда «сразу присылали до 70 писем, и на все он не ленился отвечать». Среди ближайших учеников и друзей Макария исследователям известны иеросхимонах Илиодор (Захаров; ум. в 1895 г.), иеромонах Иосиф (ум. в 1883 г.), монахи Пётр (Лешенко) и преподобный Феодот (Левченко), а также преподобный Иннокентий (Степанов), которому старец в 1861 г. предсказал игуменское служение («Краткое описание жизни». 1893 г.). 1 июня 1863 г. Макарий принял схиму с оставлением прежнего имени и поселился в маленькой келье на верхнем этаже юго-восточной двухэтажной башни монастырской ограды; его ученик монах Пётр (Лешенко) проживал на нижнем этаже. Старец предпочитал ходить в мантии и клобуке, полное схимническое облачение надевал крайне редко. Когда Макарий узнал, что глинский иеромонах Панкратий, пользовавшийся его доверием, стал вести записи о подвижнической жизни и об исцелениях, происходивших по молитвам старца, то «под страхом заклятия» потребовал сжечь бумаги. С принятием схимы Макарий перестал вести переписку с мирянами, но продолжал принимать посетителей. В сентябре того же года затворился в келье и принимал только некоторых монахов и сестёр; монахини Агнии признавался: «И вижу белый столб, как бы бумагой оклеен, до самого неба восходит. На том столбе большая площадь; там хорошо, сказать тебе не умею. Это мне было место показано, и слышал я глас, что мне мытарств проходить не придётся». Макарий скончался в братской больнице. 23 февраля 1864 г. игумен Иннокентий возглавил заупокойную литургию и отпевание старца, который был погребён на братском кладбище Ближнего скита, с южной стороны храма святых Иоакима и Анны (1860 г.). К захоронению приходили больные миряне, почитавшие Макария как целителя, брали из-под могильной плиты песок, ломали кирпичи, на которых лежала плита. В 1894 г. кирпичное основание и плиту укрепили цементом, но паломники продолжали брать частички цемента, кирпича, извести и даже собирали и пили дождевую воду с надгробной плиты. По молитвам к Макарию на могиле совершались исцеления. Так, дворянка Харьковской губернии Прасковья Гавриловна Цыцерская писала настоятелю игумену Исаии (Гомолко), что 15 лет страдала ревматизмом, пальцы рук опухали и почти не сгибались. 20–23 июня 1893 г. она ежедневно молилась на могиле старца и исцелилась. Могила Макария сохранялась до XXI в., юго-восточная башня, в которой он проживал, разрушена после закрытия Глинской пустыни в 1961 г. 8 мая 2008 г. решением Синода УПЦ учреждено празднование Собору преподобных отцов Глинских, в который включено и имя Макария. Торжественное прославление Собора состоялось 16 августа 2008 г. в Глинской пустыни, службу возглавил митрополит Киевский и всея Украины Владимир (Сабодан). 11 июня того же года были обретены мощи преподобного, которые открыто почивают в монастырском Никольском храме (построен в 2000–2001 гг. на фундаменте взорванной Успенской церкви). Частицы мощей Макария хранятся в женском монастыре блаженной Ксении Петербургской в деревне Барань Минской области (Республика Беларусь) и в храме Николая Чудотворца города Ухта Республики Коми. На могиле, где покоился Макарий, поставлен крест. В Глинской пустыни монахиней Ириной была написана икона с поясным изображением преподобного.