По требованию властей Мстиславу приходилось ограничивать количество совершаемых треб в домах верующих, несмотря на то что в приходах было много мест, удалённых от церквей. В то время в значительной по территории Вологодской епархии действовало всего 17 храмов, причём в 12 службы проводились только в воскресные и праздничные дни. Стараниями Мстислава в годы хрущёвских гонений удалось не допустить сокращения числа приходов. Однако в Великом Устюге вместо закрытого (несмотря на протесты верующих) Прокопиевского собора власти предоставили общине небольшую кладбищенскую Стефановскую церковь на окраине города. В 1964 г., после сноса архиерейского дома в Вологде, Мстислав был вынужден переехать в не приспособленное для проживания помещение бывшей епархиальной канцелярии; затем для управляющего епархией был приобретён деревянный дом в частном секторе. 25 февраля 1965 г. Мстислав был возведён в сан архиепископа. 25 мая 1965 г. назначен архиепископом Горьковским и Арзамасским. Немедленно после приезда в Горький (ныне Нижний Новгород) уполномоченный Совета по делам Русской православной церкви поставил Мстислава в известность о принятом властями решении о сносе здания епархиального управления с помещениями для архиерея. Несмотря на попытки опротестовать это решение, в июле того же года под нажимом уполномоченного Мстислав был вынужден согласиться на переезд в дом при Карповской церкви. Уполномоченный в своих отчётах обвинял Мстислава в проведении архиерейских служб с «особой торжественностью», а также в приглашении на службу на вакантные места священников из других епархий. 14 мая 1966 г. Мстислав был уволен по болезни на покой, но 7 октября 1967 г. был вновь призван к служению и назначен архиепископом Кировским и Слободским. Хотя открытые гонения на церковь прекратились, Кировская (Вятская) епархия находилась в очень тяжёлом положении. В ней насчитывалось всего 32 действующих храма, в том числе в городе Кирове действовала как кафедральный собор единственная небольшая церковь во имя Серафима Саровского. Архиерейские покои Мстислава размещались в ветхом деревянном доме. При нехватке приходского духовенства власти запрещали рукополагать священников, препятствовали ремонту храмов, был запрещён колокольный звон. В этих условиях Мстислав старался, насколько было возможно, сохранять оставшиеся приходы, избегая конфликтов с уполномоченным Совета по делам религий. В 1976 г. Мстислав был награждён орденом святого князя Владимира первой степени. Скончался после непродолжительной болезни. Отпевание Мстислава 5 апреля 1978 г. возглавил Горьковский и Арзамасский архиепископ Николай (Кутепов). Мстислав был похоронен в нижнем пещерном приделе во имя святого Трифона Вятского Серафимовского собора в Кирове.