10 сентября 1953 г. был арестован западноберлинской полицией по обвинению в «преступлении против нравственности» (фактически обвинялся в связях с советской разведкой), но вскоре освобождён при условии немедленного отбытия в Западную Германию. Вместо этого в конце сентября выехал в советский сектор Берлина. Обратился к исполняющему обязанности патриаршего экзарха в Западном Европе Берлинскому и Германскому епископу Борису (Вику; впоследствии митрополит) с прошением войти в молитвенно-каноническое общение с Русской православной церковью. После принесения покаяния 25 октября 1953 г. был торжественно воссоединён епископом Борисом (Виком) с Русской православной церковью. В декабре того же года назначен настоятелем храма-памятника во имя святителя Алексия в Лейпциге. В июле 1954 г. совершил поездку в СССР, о которой написал путевые очерки, опубликованные в «Журнале Московской Патриархии». В июне 1955 г. освобождён от должности настоятеля лейпцигского храма и зачислен в братию Киево-Печерской лавры. 7 февраля 1956 г. назначен Синодом Русской православной церкви епископом Великолукским и Торопецким. 4 марта того же года архиерейскую хиротонию Мстислава в Трапезном храме Троице-Сергиевой лавры возглавил Патриарх Московский и всея Руси Алексий I (Симанский). 8 августа 1957 г. назначен епископом Свердловским и Ирбитским. В Свердловске (ныне Екатеринбург) Мстислав одобрил решение верующих добиваться возврата им закрытого в 1930 г. городского Александро-Невского собора, что вызвало недовольство местных властей, под давлением которых, видимо, вскоре было принято решение о перемещении архиерея на другую кафедру. 21 февраля 1958 г. Мстислав был назначен епископом Омским и Тюменским. Прибыл в Омск в начале марта, но уже 13 мая в связи со слабым здоровьем получил отпуск и отбыл на несколько месяцев для лечения в Кисловодск. После возвращения Мстислав дважды посетил Тобольск, побывал во многих приходах обширной епархии, но вскоре вновь был переведён на другую кафедру. 27 июля 1959 г. назначен епископом Вологодским и Череповецким, 15 октября того же года его титул был изменён: Мстислав стал именоваться епископом Вологодским и Великоустюжским. Служение Мстислава на Вологодской кафедре пришлось на годы усиления в стране борьбы с церковью по инициативе главы советского правительства Никиты Сергеевича Хрущёва. В этих условиях своей «первой заботой» Мстислав считал налаживание отношений с уполномоченным Совета по делам Русской православной церкви в Вологодской области. В епархии не хватало священнослужителей и особенно псаломщиков. Мстислав считал сложившееся положение «почти неразрешимым недостатком в церковно-богослужебной жизни». Ему удавалось добиваться от уполномоченного разрешения на приём священников из других епархий.