Монастырский приказ был лишён судебных полномочий, но продолжил существовать, сохранив финансовые и административные функции. Лишь после смерти царя Алексея Михайловича по челобитью Патриарха Московского и всея Руси Иоакима (Савёлова) именным указом царя Фёдора Алексеевича 19 декабря 1677 г. было предписано «Монастырскому приказу не быть». Его дела были переданы в Приказ Большого дворца, а «денежные всякие доимки… и доимочные деньги» – в Новую четверть (второе Полное собрание законов Российской империи, том 2). Возрождение Монастырского приказа в начале XVIII в. исследователи рассматривают в общем контексте церковной и податной реформ царя Петра I, когда первостепенной задачей стало пополнение казны в условиях Северной войны, и создавались армия и флот. 24 января 1701 г. именным царским указом Монастырский приказ был восстановлен; его разместили на патриаршем дворе, «где был Патриарший разряд» (второе Полное собрание законов Российской империи, том 4). В его ведение вновь были переданы все монастырские дела и дела архиерейских домов из Приказа Большого дворца. В судебную компетенцию Монастырского приказа вошли гражданские и уголовные дела в отношении духовенства и населения церковных вотчин. Духовные дела остались в ведении Патриаршего Духовного приказа. Впервые в компетенции Монастырского приказа оказались дела «дома Святейшего патриарха», переданные из Патриаршего Дворцового приказа. В основном Монастырский приказ занимался финансами: сбором государевых податей с монастырских и церковных земель, веде́нием приходо-расходных книг, составлением описей монастырского имущества. Монастырский приказ собирал и церковные пошлины (подати, сборы, десятильничий доход, богаделенные деньги, «на подмогу» полковым священникам, ставленные, епитрахильные, орарные, с «венечных памятей», славленные и т.д.). Вплоть до 1722 г. полномочия Монастырского приказа чётко оформлены не были, по мере развития государственной реформы императора Петра I в компетенции Монастырского приказа оказывались новые вопросы: сборы стрелецких денег, корабельный сбор, сбор на строение мостов, распределение земельных дач за службу из церковных вотчин, забота о раненых и увечных солдатах, содержание госпиталя в Москве, поставка драгунских лошадей и фуража, содержание полка, сыск и возврат беглых на церковных землях и др. (второе Полное собрание законов Российской империи, том 6).