Из Приказа Большого дворца в Монастырский приказ перешли дела по организации сбора государственных податей с монастырских земель и ружных церквей и веде́ние учёта монастырского имущества. В 1662 г. для улучшения финансового контроля над своими землями Монастырский приказ провёл перепись монастырских дворов. По её результатам в ве́дении Монастырского приказа оказалось 476 монастырей с 87 907 дворами. Структурно Монастырский приказ был оформлен как самостоятельное учреждение в 1650 г. До 1656 г. в состав судей приказа входили лица духовного звания, например, архимандрит Чудова монастыря Ферапонт, старец Новоспасского монастыря Пафнутий (Еропкин). В дальнейшем штат Монастырского приказа состоял исключительно из светских лиц – судьи, трёх дьяков, 20–40 подьячих разных статей. В XVII в. Монастырский приказ возглавляли: князь Иван Андреевич Хилков (1651–1655, 1666 гг.), князь Даниил Степанович Великогагин (1655–1657 гг.), окольничий Иван Фёдорович Стрешнев (1657–1664 гг.), думный дворянин Иван Афанасьевич Прончищев (1665 г.), окольничий князь Иван Петрович Барятинский (1665 г.), окольничий князь Дмитрий Алексеевич Долгорукий (1666–1668 гг.), думный дворянин Семён Иванович Заборовский (1668–1676 гг.), окольничий Иван Севастьянович Хитрово (1677 г.). Создание Монастырского приказа вызвало недовольство духовенства. Непримиримым противником нового учреждения был Патриарх Московский и всея Руси Никон (Минов). Он последовательно обличал основное нарушение, допущенное при создании Монастырского приказа, – право светских лиц судить духовенство. Наиболее подробно Никон (Минов) обосновал свою позицию в ответе на 26-й вопрос в сочинении «Возражение или разорение». В духовной среде недовольство Монастырским приказом проявилось на Большом Московском Соборе 1666–1667 гг. Русские иерархи адресовали восточным патриархам вопрос о правомерности суда «мирских людей» над «церковным и духовным чином» и «их людьми». Ответ патриархов был предельно ясен: «Ни в чём не судить, а судить их во всяких делах архиереям, каждому в своей епархии или кому повелят от духовного чина, а не от мирских». В 1668 г. был создан особый Патриарший Духовный приказ, который осуществлял суд над духовенством по любым делам и над всеми светскими лицами по брачно-семейным делам (насильственные, незаконные браки и проч.), разбирал преступления против церкви, вёл борьбу со старообрядчеством. В 1668 г. – 1670 гг. духовные приказы во главе с представителями духовенства были созданы и в епархиях. По итогам Собора 1667–1668 гг.