Большинство текстов переписано его учениками, подражавшими почерку мастера. Переписанные тетради М.Я. Медоварцев отправил Гурию (Тушину) в Кириллов Белозерский в честь Успения Пресвятой Богородицы мужской монастырь, а тот после получения объединил их в сборнике с Житиями Авраамия Смоленского, Зосимы Соловецкого и др., переписанными им самим и писцами его мастерской. В монастыре Николы Старого было переписано Житие Саввы Сербского, привезённое из афонского Ватопедского монастыря старцем Исаией в 1517 г. (Российская национальная библиотека). Почерк М.Я. Медоварцева соседствует здесь с почерками ещё четырёх писцов. Один из писцов (второй), вероятно, был учеником М.Я. Медоварцева и подражал его письму. М.Я. Медоварцев также правил их тексты, пронумеровал все тетради. Изготовленные тетради М.Я. Медоварцев отправил в Кириллов монастырь, «чтобы помянули в святых своих молитвах мое окаанство». По предположению Наталии Александровны Казаковой, этот экземпляр Жития послужил протографом ещё одного списка данного памятника, сделанного Гурием Тушиным (Российская национальная библиотека). М.Я. Медоварцев активно сотрудничал с преподобным Максимом Греком. Из списков переведённой преподобным Максимом Греком «Толковой Псалтири», переписанной с участием М.Я. Медоварцева, в настоящее время исследователям известен лишь один (Российская государственная библиотека), но исследователи считают, что их было несравненно больше, т.к. имя М.Я. Медоварцева как одного из сотрудников афонского старца упомянуто в пространном послесловии к переводу (в просьбе о вознаграждении сотрудников и помощников). Рукопись «Цветной Триоди» (Исторический музей) сохранила «исправление триодное», о котором преподобный Максим Грек писал в своём программном «Исповедании веры», а также в одном из «Слов отвещательных об исправлении книг русских». Запись-колофон рукописи сообщает о том, что в марте 1525 г. в монастыре Николы Старого было завершено «правление с греческыя триоди Фотиа митрополита» текста «Цветной Триоди», осуществлённое «подвигом и трудом» М.Я. Медоварцева (названная рукопись – оригинал его труда). Дата записи (март 1525 г.) показывает, что работа над «Цветной Триодью» продолжалась и после ареста Максима Грека в феврале того же года. Один из шести почерков рукописи принадлежит М.Я. Медоварцеву, который руководил написанием всей рукописи; он переписал целиком первые девять тетрадей, значительное количество листов других писцов, запись на листе 321 об., его же рукой сделана правка всей рукописи, пронумерованы все тетради. Значительная часть текстов, написанных по смытому, «заглаженному» тексту, наглядно отражает процесс правки. В мастерской М.Я. Медоварцева выполняли и правительственные заказы. Если сборник Житий святых (Исторический музей), написанный «повелением» великого князя Василия III Ивановича, мог быть выполнен по его личному заказу, то другие автографы М.Я. Медоварцева указывают на его связи с посольской, дьяческой средой. Русский альтернат договора 1514 г. Василия III Ивановича с императором Максимилианом I, хранящийся ныне в Венском государственном архиве, написан почерком если не самого М.Я. Медоварцева, то почерком одного из писцов его круга, принадлежавшим медоварцевской школе письма.