В конце 1570 гг. Мелетий решил возглавить Владимиро-Волынскую епархию. Он добился того, что престарелый епископ Феодосий (Лозовский) отказался от кафедры, и король Стефан Баторий 23 декабря 1579 г. дал Мелетию жалованную грамоту на управление этой епархией, сохранив за ним пост киево-печерского архимандрита. Однако задуманный план не удалось осуществить. Хотя 16 апреля 1580 г. Мелетий был введён в управление имуществом епархии, но уже в конце месяца он передал в пожизненное владение епископу Феодосию (Лозовскому) Владимиро-Волынскую кафедру вместе с её имениями, взяв плату за аренду. Управлять епархией Мелетий начал весной 1589 г., после смерти епископа Феодосия (Лозовского). Летом 1589 г. из Москвы в Речь Посполиту приехал Константинопольский патриарх Иеремия II Транос и занялся устройством дел в Западнорусской митрополии. Одним из результатов его поездки стала смена Киевского митрополита. 27 июля 1589 г. королевскую грамоту на митрополичий престол получил Михаил (Рагоза), начинавший свою карьеру «дворным писарем» князя Богуша Корецкого, с которым была тесно связана семья Хребтовичей. Исследователи полагают, что это как-то повлияло на дружественные, близкие отношения нового митрополита и Владимиро-Волынского епископа. Во время путешествия патриарха Иеремии II Траноса Мелетий встречался с ним и получил от него «прощение и благословение». Он сопровождал патриарха до его отъезда и скрепил своей подписью решение от 13 ноября 1589 г. об освобождении Львовского Успенского братства от власти местного епископа. Исследователи полагают, что перед отъездом патриарх сделал Мелетия «прототронием» – первым среди епископов Киевской митрополии после митрополита. В документах последующего времени Мелетий упоминается в этом звании, а его подпись помещается сразу после подписи митрополита (очевидно, патриарх отводил ему важную роль в жизни Киевской митрополии). О собственных планах Мелетия исследователям известно из обнародованных им в 1590 г. фальсификатов – грамот Киево-Печерскому монастырю князя Андрея Боголюбского и Константинопольского патриарха Максима. В первой грамоте говорилось о пожаловании монастырю Василёва на Стугне и о передаче под власть печерского архимандрита ряда обителей (киевского Николо-Пустынского монастыря и др.).