В 1946–1954 гг. 49 православных священников из числа бывших униатов были арестованы или высланы по подозрению в связях с антисоветским подпольем. В 1954–1955 гг. в Дрогобычскую область стали возвращаться из лагерей бывшие униатские священники, однако только половина из них согласились воссоединиться с православием. Михаил лично убеждал некоторых из них в необходимости этого поступка. Он проявлял твёрдость в своей деятельности по воссоединению с православием, но в то же время последовательно выступал против проведения ускоренного «оправославливания» западных украинцев и ликвидации национально-религиозных особенностей их церковной жизни. За время архиерейства Михаила исследователям известно лишь о двух случаях запрещения им в служении клириков за их прямой отказ устранить особенности ритуала, характерные для униатских богослужений, хотя гражданские и церковные власти требовали от Михаила активного применения подобной практики. Он открыто поднимал перед властями вопросы о массовых арестах священнослужителей, уничтожении святых мест, экономической и социальной дискриминации духовенства. 7 октября 1955 г. Михаил выехал поездом из Львова в Киев. Во время поездки Михаилу и сопровождавшему его секретарю Дрогобычского епархиального управления протоиерею Владимиру Куновскому внезапно стало плохо. Протоиерей Владимир Куновский умер ещё в поезде, Михаил был доставлен в тяжёлом состоянии в Киев, где на следующий день скончался в гостинице «Украина». Официальной причиной смерти архиерея был объявлен сердечный приступ. Но обстоятельства кончины Михаила дают исследователям все основания предполагать его преднамеренное отравление (видимо, в буфете на вокзале во Львове, где Михаил и протоиерей Владимир Куновский обедали перед отъездом). Однако версии о причастности к преступлению сотрудников госбезопасности, якобы недовольных недостаточной активностью Михаила в искоренении остатков унии в епархии, активистов националистического подполья или же недоброжелателей архиерея в его церковном окружении не нашли документального подтверждения. Отпевание Михаила 13 октября 1955 г. в Дрогобыче возглавил Станиславский епископ Антоний (Пельвецкий). В похоронной процессии приняли участие 140 священнослужителей и многочисленные миряне. Михаил был похоронен на старом кладбище Дрогобыча.