25 февраля в кафедральном Владимирском соборе Киева митрополит Иоанн (Соколов) возглавил хиротонию Михаила во епископа Дрогобычского и Самборского. Вместе с протоиереем Гавриилом Костельником и епископом Антонием Пельвецким Михаил был одним из организаторов и руководителей Львовского собора 8–10 марта 1946 г., принявшего решение об упразднении Брестской унии 1596 г. и о воссоединении с православной церковью. Михаил не сразу смог приступить к выполнению своих архиерейских обязанностей. Основным координатором церковной жизни на Западной Украине оставался Львовский и Тернопольский епископ Макарий (Оксиюк; впоследствии митрополит), а у Михаила и Станиславского епископа Антония (Пельвецкого) первоначально были почти номинальные полномочия. К моменту образования Дрогобычской и Самборской епархии на ее территории действовали всего четыре прихода Русской православной церкви и 658 приходов Украинской греко-католической церкви. Процесс перехода униатских приходов в православие занял достаточно продолжительное время. Только в августе 1946 г. было образовано Дрогобычское епархиальное управление. 29 июля 1947 г. в Дрогобыче прошло первое совещание благочинных епархии, на котором были намечены основные направления объединительной деятельности. К началу 1948 г. в епархии было уже 406 зарегистрированных православных приходов; из 336 униатских клириков перешли в православие 302, 34 клирика остались в унии. На 1955 г. в Дрогобычской епархии насчитывалось уже 634 православных прихода. Процесс ликвидации унии встретил сопротивление со стороны подпольного националистического движения. Националисты требовали от перешедших из унии священников отказаться от служения на Западной Украине либо возвратиться в унию. Те, кто отказывались, нередко становились жертвами националистов. Так, были убиты благочинный Журавненского округа священник Николай Бобыляк, один из ближайших соратников Михаила, и протоиерей Фёдор Немилович вместе с супругой. Националисты устроили ночной погром в здании Дрогобычского епархиального управления, при этом исчезли многие документы, а также был похищен сотрудник управления священник Василий Хробак (вскоре стало известно о его гибели). Из-за террора националистов из Дрогобычской области (в основном, из сельской местности) выехали в другие регионы или перешли на гражданскую службу 25 священнослужителей. Православный клир Дрогобычской епархии затронули и репрессии советских властей, развязанные под предлогом борьбы с националистическим подпольем на Западной Украине.