В целом политика Михаила IV Пафлагона, имевшая антиаристократический характер, пользовалась поддержкой константинопольской бюрократии. Одной из мер, направленных на увеличение поступлений в казну, стало введение большого числа новых налогов, одним из которых был так называемый аэрикон, в тот период, по мнению исследователей, взимавшийся с сельских жителей. От налогового бремени страдала также военная знать Малой Азии. Политика Михаила IV Пафлагона вызвала сопротивление аристократии, что выразилось в заговоре против императора, организованном в 1040 г. Иоанном Макремволитом, а также двумя братьями его жены, один из них – будущий Константинопольский патриарх Михаил I Керуларий; Иоанн Скилица указывает на то, что их планы разделяло значительное число лиц. После разоблачения заговора его организаторы были наказаны конфискацией имущества. Примерно в то же время императорские власти пресекли попытку восстания, направленного против великого доместика Константина. Многие военачальники, вовлечённые в заговор, были ослеплены. Кроме того, фискальные меры, инициированные Михаилом IV Пафлагоном и его окружением, послужили главной причиной восстания населения Балканского полуострова. Другой причиной стало назначение около 1037 г. по инициативе Михаила IV Пафлагона главой Охридской архиепископии грека по происхождению Льва (см. Лев, архиепископ Охридский); раньше кафедру занимал Иоанн I Дебрский, который, как считается, был последним славянином на кафедре. В 1040 г. восстание под руководством Петра II Деляна, провозглашённого в Белграде царём, охватило бо́льшую часть славянских земель, а также территорию Северной Греции. Однако вскоре оно было подавлено. В 1042 г. Михаил IV Пафлагон организовал карательную экспедицию, направленную против Стефана, князя Зеты (Дукли), провозгласившего себя независимым правителем (экспедиция завершилась неудачно). Михаил IV Пафлагон тяжело заболел, после чего Иоанн Орфанотроф принял меры по закреплению императорского престола за своей семьёй. Михаил IV Пафлагон усыновил племянника, сына своей сестры Марии, Михаила (см. Михаил V Калафат) и провозгласил его кесарем. Затем император удалился в монастырь святых Космы и Дамиана (Космидион), который раньше был благоустроен по его инициативе. Здесь Михаил IV Пафлагон, отличавшийся в последние годы жизни благочестием, принял монашеский постриг и вскоре скончался.