11 января 2013 г. возглавил Межведомственную комиссию по оценке результатов и выработке инициатив по дальнейшему эффективному развитию Общероссийской олимпиады школьников по «Основам православной культуры». С 25 декабря 2012 г. входил в состав Межведомственной координационной группы по преподаванию теологии в вузах; с 12 марта 2013 г. возглавлял Межведомственную рабочую группу для координации работы по открытию образовательных центров по подготовке специалистов в области катехизической, миссионерской, молодёжной и социальной деятельности. 31 декабря 2013 г. в соответствии с резолюцией патриарха Кирилла (Гундяева) включён в состав Совета по общественной экспертизе учебников и учебной литературы. С 17 июля 2013 г. был настоятелем московского храма в честь Успения Пресвятой Богородицы в Вешняках. При настоятельстве Меркурия были очищены росписи центрального верхнего храма, установлена подсветка и звуковое оснащение верхнего и нижнего храма в храме, был изготовлен венец из драгоценных металлов, камней и жемчуга к чтимой Иверской иконе Божьей Матери. 23 октября 2014 г. вновь вошёл в состав Межсоборного присутствия РПЦ и президиума Межсоборного присутствия на 2014–2018 гг.; вновь возглавил комиссию Межсоборного присутствия по вопросам духовного образования и религиозного просвещения. Указом Московского патриарха Кирилла (Гундяева) от 31 декабря 2018 г. освобождён от должности настоятеля Успенского храма в Вешняках и назначен настоятелем храма Преображения Господня в Тушине города Москвы. Решением Синода от 9 июля 2019 г. утверждён в должности священноархимандрита Донского Старочеркасского Ефремовского мужского монастыря станицы Старочеркасская Аксайского района Ростовской области. Решением Синода от 30 августа 2019 г. поручено временное управление Волгодонской епархией. Решением Священного Синода от 25 августа 2020 г. освобождён от должности председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации и назначен генеральным директором художественно-производственного предприятия «Софрино». Указом патриарха Кирилла (Гундяева) от 3 сентября 2020 г. освобождён от должности настоятеля храма Преображения Господня в Тушине города Москвы. Награждён церковными орденами святителя Иннокентия, митрополита Московского второй степени (2003 г.) и князя Даниила Московского второй степени (2006 г.) РПЦ, Иннокентия Московского второй степени Православной Церкви в Америке (2003 г.), равноапостольного князя Владимира первой степени (2003 г.) и 1020-летия Крещения Руси (2008 г.) УПЦ, Иоанна Шанхайского и Сан-Францисского (2009 г.) РПЦЗ, священноисповедника Николая, митрополита Алма-Атинского и Казахстанского (2013 г.) и преподобноисповедника Севастиана Карагандинского (2015 г.) Митрополичьего округа в Казахстане; орденом Дружбы РФ (2016 г.), Даниила Московского третьей степени (2019 г.). Почётный доктор Донского государственного технического университета (2013 г.), почётный профессор Ростовского государственного строительного университета (2014 г.).