27 июля 2009 г. вошёл в состав Межсоборного присутствия РПЦ, 29 января 2010 года избран сопредседателем комиссии Межсоборного присутствия по вопросам духовного образования и религиозного просвещения, с 5 марта 2010 г. Меркурий – член Президиума Межсоборного присутствия РПЦ, также член комиссии Межсоборного присутствия по вопросам организации жизни монастырей и монашества (с 16 декабря 2010 г.). 10 октября 2009 г., в связи с возрождением монашеской жизни в Высоко-Петровском ставропигиальном монастыре, назначен его наместником (до 26 июля 2012 г.). 25 декабря 2009 г. утверждён членом рабочей группы по подготовке современного катехизиса РПЦ. 5 марта 2010 г. стал председателем Комиссии по церковным приютам и вопросам церковного попечительства о детях, организованном им при Синодальном отделе религиозного образования и катехизации. 22 марта 2011 г. назначен заместителем председателя Комиссии по церковным приютам и вопросам церковного попечительства о детях при Патриархе Московском и всея Руси. С декабря 2010 г. по июль 2011 г. окормлял приходские храмы на территории Северного административного округа города Москвы (Всехсвятское благочиние). 27 июля 2011 г. назначен епископом Ростовским и Новочеркасским с сохранением в должности председателя Синодального отдела религиозного образования и катехизации. Решением Синода от 6 октября того же года назначен главой новообразованной Донской митрополии, объединяющей Ростовскую, Волгодонскую и Шахтинскую епархии. Одновременно продолжал исполнять обязанности правящего архиерея Ростовской и Новочеркасской епархии. 8 октября 2011 г. в Успенском соборе Троице-Сергиевой лавры возведён патриархом Кириллом (Гундяевым) в сан митрополита. С 6 октября 2011 г. по 29 мая 2013 г. исполнял обязанности ректора Донской духовной семинарии в Ростове-на-Дону. С момента образования Донской митрополии в трёх составляющих её епархиях было открыто больше 130 новых приходов, совершено больше 200 рукоположений в священный сан. Под руководством Меркурия были начаты и успешно продолжались работы по реставрации ростовского кафедрального собора в честь Рождества Пресвятой Богородицы. Меркурий внёс большой вклад в реализацию решения, принятого правительством Российской Федерации совместно с религиозными организациями страны, о начале преподавания в средних школах с 2012/2013 гг. учебного курса «Основы религиозных культур и светской этики», в том числе учебного модуля «Основы православной культуры». Был членом Межведомственного совета по обеспечению координации и контроля реализации плана мероприятий по введению с 2012/2013 учебного года во всех субъектах Российской Федерации комплексного учебного курса для общеобразовательных учреждений «Основы религиозных культур и светской этики».