В свою очередь, епископы Тихон (Шарапов) и Никон (Дегтяренко) отказывались признавать каноничный статус Мелхиседека, считая его обновленцем, и брали под окормление приходы Минской епархии, вышедшие из подчинения своего правящего архиерея. Сложившаяся ситуация потребовала вмешательства вступившего в управление церковью после кончины патриарха Тихона (ум. 7 апреля 1925 г.) патриаршего местоблюстителя митрополита Петра (Полянского). 5 октября 1925 г. митрополит Пётр (Полянский) обратился к Мелхиседеку с посланием, в котором сообщал: «Покойный Святейший Патриарх не считал Ваше Преосвященство состоящим вне единения с Православной Русской Церковью, почему и не воспрещал Вам служить в московских храмах. Посему нет оснований предполагать, что Минская иерархия является неправославной. Преосвященному Тихону и преосвященному Никону мною дано предложение безотлагательно принять меры к возможно скорейшему прекращению нежелательных результатов от допущенных ими по неведению действий». В то же время митрополит Пётр (Полянский) указывал: «Вопрос об автономии Белорусской Церкви и Вашем митрополичьем сане при Святейшем Патриархе не получил канонического разрешения. Вы же сами не позаботились в течение двух лет при жизни покойного Патриарха так или иначе ликвидировать этот вопрос или принять меры к тому, чтобы дать ему определённое каноническое разрешение. Поэтому как объявление автономии Белорусской Церкви, так и принятие Вами сана митрополита является с канонической точки зрения актом самочиния, не одобряемым церковными правилами. Полагаю, что вопрос об автономии подлежит решению Поместного Собора Русской Церкви, а признание за Вами митрополичьего сана – особому епископскому рассмотрению... Ввиду этого считаю за лучшее, если бы Вы сами изыскали меры к ликвидации допущенного церковного самочиния и вернулись к нормам канонического устроения белорусской церковной жизни. Тогда бы для нас открылась каноническая возможность, сообразно с местными условиями церковной жизни, предоставить Вам некоторые прерогативы чести». В связи с началом следствия по делу местоблюстителя митрополита Петра (арестован 10 декабря 1925 г.) Мелхиседек был вызван из Минска в Москву и 13 декабря 1925 г. задержан в здании ОГПУ (арест по обвинению в участии в контрреволюционной организации оформлен ордером от 22 декабря того же года). Содержался в Бутырской тюрьме. Когда следствие не обнаружило связи между Минским архиереем и митрополитом Петром (Полянским), в ОГПУ было принято решение использовать Мелхиседека для укрепления авторитета образованного 22 декабря по инициативе властей Временного высшего церковного совета (ВВЦС) во главе с архиепископом Григорием (Яцковским). 23 января 1926 г. Мелхиседек был освобождён под подписку о невыезде из Москвы и вскоре признал ВВЦС.