В апреле 1847 г. Макарий писал преемнику на посту начальника Алтайской духовной миссии протоиерею С. Ландышеву, что «сладчайшее утешение» братии принесло его сообщение о крещении 110-летнего старика Кочоева – «последнего из старожилов улалинских», бежавших некогда от призывов архимандрита. По свидетельству не только жителей Болхова, но и алтайских и тобольских знакомых, Макарий обладал даром прозорливости. Свидетельства прозорливости Макария были собраны протоиереем Илиёй Ливанским. 30 марта 1846 г. Макарий подал прошение в Синод об увольнении: преподобный собирался поехать за границу для поклонения святым местам сроком на год. 20 августа того же года он получил долгожданное разрешение Синода. В одном из писем Макарий делился своими планами относительно предстоящего путешествия: «В половине мая, если Богу угодно, я намерен проститься с Болховом», далее через Орёл, Глинскую пустынь и Киев – в Одессу, а там – морем в Константинополь, потом – до Яффы и далее «сухим путём» – в Иерусалим. Перед отъездом Макарий заболел. По словам келейника, в мае 1846 г. «не имел покоя от народа, пятого числа он дошёл до изнеможения и уходил для отдыха на несколько минут». 6 мая 1847 г., за 12 дней до кончины, Макарий писал Е.В. Варламовой и А.Н. Романчиковой, которые находились на пути в Сибирь: «Потом ещё в трёх домах я был, увлекаемый желаниями приятелей болховских, и чрез все эти входы и выходы, по великой милости Божией, которой я недостоин, со всех сторон нить утешений благословительных шла, и в монастырь я возвратился уже по вечеру позднему… Хотели выехать в пятницу после Вознесения, но отложили отъезд до вторника после Праздника Святой Троицы (в 1847 г. он пришёлся на 11 мая)». Врачи обнаружили у Макария воспаление лёгких, печени и желудка. При погребении на тело Макария была возложена епитрахиль, полученная им некогда от старца Ливерия. После кончины Макария архиепископ Орловский и Севский Смарагд (Крыжановский) сказал, что подвижника можно назвать «осуществлённым Евангелием», а Филарет (Дроздов) написал, что «Макарий был истинный слуга Христа Бога». Макарий был погребён в монастырском соборном храме, в склепе, расположенном с южной стороны трапезной, – «под церковью и к нему пещерки». Почитатели старца впоследствии расширили трапезную и устроили по обеим сторонам приделы – Воскресения Христова, в котором под престолом находился гроб преподобного, и Воскрешения праведного Лазаря.