Царство Христа, как утверждает Маркелл в трактате «Против Астерия», основываясь на свидетельстве апостола Павла (1 Кор. 15:24–28), должно иметь конец, когда завершится дело человеческого спасения, ради которого Слово Божье и воплотилось. В то же время Само Слово по Своему божеству всегда царствует вместе с Богом Отцом. Маркелл оставляет открытым вопрос о конечной судьбе плоти Христа. С одной стороны, после завершения спасительной миссии Слова необходимость в её существовании исчезает. С другой стороны, плоть приобретает бессмертие через единение со Словом. Маркелл был одной из самых спорных фигур среди защитников никейской веры. Негативное восприятие богословия Маркелла на Востоке определялось не столько принципиальным несогласием с его богословскими убеждениями, сколько стремлением Маркелла к постановке сложных и даже провокационных вопросов и смелым использованием таких понятий, как «Сын», «ипостась», «образ», «царство», в нетипичных для восточного богословия того времени значениях. Конфликт Маркелла с евсевианами исследователи готовы интерпретировать также как результат столкновения господствующего на Востоке оригенизма с малоазийской богословской традицией, последним значительным представителем которой, по мнению М. Симонетти, был Маркелл. Исследователи указывают на сходство ряда идей Маркелла с богословием Иринея Лионского, также получившего духовное воспитание в Малой Азии. Исследователи полагают, что Маркелл понял опасность своих богословских опытов и в письме Римскому епископу Юлию сформулировал свою позицию в приемлемой для большинства сторонников никейской веры форме. Афанасий I Великий в церковно-полемических сочинениях рассматривал Маркелла как исповедника, а выдвинутые евсевианами против него обвинения как клевету. В то же время есть свидетельство, что в конце 340 гг. Афанасий I Великий прекратил общение с Маркеллом. Епифаний Кипрский сообщает, что прямо задал Афанасию I Великому вопрос о его отношении к Маркеллу. Афанасий I Великий в ответ улыбнулся и дал понять, что Маркелл «не далеко ушёл в заблуждении», но смог оправдаться. Василий Великий сближал учение Маркелла с савеллианством (см. ст. Савеллий) и настаивал на его всеобщем осуждении наряду с арианством. Исследователи полагают, что неприятие богословского наследия Маркелла со стороны Василия Великого было вызвано, в первую очередь, критикой Маркеллом триипостасной доктрины, которую отцам-каппадокийцам удалось совместить с учением о единосущии и, таким образом, найти богословское разрешение тринитарным спорам. В 381 г. вторым Вселенским Собором в Константинополе маркеллианство было осуждено в числе прочих ересей. Исследователи полагают, что слова «Его же Царствию не будет конца» были вставлены в Никео-Константинопольский Символ веры именно с целью отвержения учения Маркелла. Римская церковь в период правления Дамаса I также осудила приписываемые Маркеллу еретические тезисы, в то же время не упоминая его имени.