Епископ Ирландии Ричард Патрик Кросланд Хэнсон (1916–1988 гг.), датируя трактат «О явлении во плоти Бога Слова...» 369 или 370 г., приписывает его авторство сторонникам Маркелла, но не ему самому. Ряд учёных атрибуируют Маркеллу также сочинение «Увещание к эллинам» («Cohortatio ad Graecos»), приписываемое Иустину Философу (см. в ст. Иустин Философ). Исследователи отмечают: как и у многих других богословов того времени, в учении Маркелла центральное место занимает тема единого Бога. Он отстаивал строгое единобожие, не впадая при этом в тринитарный субординационизм, свойственный учению Оригена, Ария и евсевианских богословов (Астерия, Евсевия Кесарийского, Акакия Кесарийского). Бог, по учению Маркелла, является совершенной Монадой, в которой пребывают божественное Слово и Святой Дух, обладающие единой с Богом Отцом Ипостасью. Слово – также вечная Сила Божья, проявляющая Себя в божественной энергии. Воплощение Слова Божия совершается в энергийном порядке и не разрушает божественного единства. Оппоненты Маркелла обвиняли его в том, что он учит, будто божественное Слово стало Христом и Сыном Божьим только в момент Воплощения. Маркелл действительно соотносил имена Иисус и Христос с воплотившимся Словом. Исследователи отмечают, что употребление имени Сын в трактате «Против Астерия» отличается некоторой неопределённостью. Маркелл, хотя и признавал тождество Сына и Слова, в то же время соотносил имя Сын, в первую очередь, с человечеством Христа. На этом основании Василий Васильевич Болотов утверждал: «Маркелл сделал ту ошибку, что признал никейское положение «Сын совечен Отцу» безнадёжным и решил уступить этот пункт арианствующим». Согласно Маркеллу, Сам Христос называл Себя не Сыном Божьим, а Сыном человеческим, чтобы указать на то, что через божественное Слово все люди способны стать сынами Божьими. В послании Римскому епископу Юлию Маркелл однозначно отождествил Сына Божия с божественным Словом. Если евсевиане рассматривали Бога Сына как совершенный образ Бога Отца, то Маркелл считал возможным употреблять понятие «образ» по отношению к Сыну Божию только по Его человечеству. Понятие «образ» предполагает, по мнению Маркелла, физическую видимость. В силу этого «образом» может быть лишь что-то материальное, тогда как божественное Слово невидимо. В таком же ключе Маркелл истолковал и используемый его оппонентами фрагмент «Книги Притчей Соломоновых»: «Господь создал Меня началом путей Своих для дел Своих» (Притч. 8:22, по Септуагинте). Согласно Маркеллу, данная фраза указывает на тварность не божественного Слова, а человеческой плоти Христа. Маркелл также подверг критике употребленное Астерием по отношению к Богу Отцу и Богу Сыну выражение «Царь родил Царя». Христос, по его мнению, является не вторым Царём всего творения, но «Царём в Церкви».