В 1964–1972 гг. исполнял обязанности главного редактора журнала «Orientalia Christiana Periodica». Основными темами научных исследований Альвареса Матеоса в области литургики были четыре богослужебных обряда: халдейский (см. ст. Восточно-Сирийский обряд), маронитский (см. ст. Маронитская католическая церковь), западно-сирийский обряд и византийское богослужение. В 1962–1963 гг. Альварес Матеос подготовил критическое издание «Типикона Великой церкви», который описывает кафедральное богослужение Константинополя IX–X вв. («Le Typicon de la Grande Église». 1962–1963 гг.). Важным результатом изучения Альваресом Матеосом «Литургия Иоанна Златоуста» стала монография, посвящённая литургии оглашенных («La Célébration de la Parole dans la Liturgie byzantine». 1971 г.); исследование «Литургии Иоанна Златоуста» было продолжено учеником Альвареса Матеоса Робертом Тафтом. Учениками Альвареса Матеоса также были Михаил (Мигель) Арранц, Габриела Винклер, Себастьян Жанерас-и-Виларо, Габриэль Бертоньер и др. Альварес Матеос активно развивал компаративные методы исследования богослужения, сформулированные Антоном Баумштарком. Во многом благодаря усилиям Альвареса Матеоса Восточный папский институт стал основным центром сравнительной литургики. Примерами использования Альваресом Матеосом методов сравнительного исследования исследователи называют многочисленные статьи о богослужении суточного круга, в том числе о часах; исследователи также отмечают его работу, посвящённую кафедральному всенощному бдению в Иерусалиме по описанию Эгерии. Альварес Матеос был консультантом Конгрегации по делам Восточных католических церквей и папского Совета по содействию христианскому единству. Будучи сторонником литургической реформы второго Ватиканского Собора, он также участвовал в работе Совета по реализации конституции о священной литургии «Sacrosanctorum Concilium», созданного после окончания Собора. Альварес Матеос полагал, что содержание «Литургии часов», которая должна была заменить прежнее издание «Бревиария», следует привести в соответствие с кафедральным, а не с монашеским богослужением. Поскольку это так и не было сделано в полной мере, Альварес Матеос потерял интерес к работе в данном Совете. Сфера его научных интересов не ограничивалась литургикой. В начале 1970 гг. Альварес Матеос приступил к изучению библеистики, а уже к концу десятилетия целиком сосредоточился на данной теме: одно из последних его литургических исследований, посвящённое богословию таинства крещения, вышло в 1974 г. Альварес Матеос принимал участие в переводе Библии на испанский язык. В 1982 г. ушёл в отставку с поста профессора Восточного папского института и вернулся в Испанию, хотя вплоть до 1991 г. почти ежегодно посещал Рим и читал лекции для студентов института. Скончался в иезуитском лазарете в Малаге.