По мнению исследователей, с точки зрения идейного и церковно-исторического влияния маркионитство относится к наиболее значительным явлениям религиозной жизни Римской империи II в. Деятельность Маркиона ставила под сомнение существование исторического христианства и была направлена на дискредитацию традиционных христианских церквей, которые Маркион объявлял отпавшими от учения Иисуса Христа и апостолов. Необходимость противостоять ереси Маркиона стала одним из наиболее важных факторов, повлиявших на появление православного канона Нового Завета. При составлении Нового Завета православной церковью была отвергнута позиция Маркиона, который по собственному усмотрению включал в канон одни апостольские книги и исключал из него другие, одновременно редактируя принятые им тексты для согласования их содержания с собственными религиозными воззрениями. Однако не была принята и противоположная позиция гностических школ, в которых канон расширялся и размывался вследствие признания авторитетными многочисленных сочинений сомнительного происхождения и богословского содержания, надписанных именами апостолов. Согласившись с Маркионом в том, что не все книги, претендующие на апостольское происхождение, должны быть признаны церковью действительно апостольскими, православные богословы и церковные пастыри, однако, сделали определяющим принципом при составлении канона Нового Завета не произвольную личную оценку вероучительного содержания книг, но наличие твёрдых свидетельств церковного Предания об апостольском происхождении и общецерковной рецепции принимаемых в канон книг. Исторической и идейной опасностью маркионитства исследователи объясняют повышенное внимание, которое уделяли ему церковные писатели как в специально направленных против Маркиона и маркионитов трактатах, так и в сочинениях общего характера. В ходе богословских дискуссий с маркионитами были впервые подробно рассмотрены многие принципиально важные темы христианской догматики. Полемика с Маркионом способствовала уточнению и углублению учения о религиозном значении Ветхого Завета для христианства, а также дала повод для рецепции и дальнейшей разработки методов толкования библейского текста: исторического, типологического, аллегорического, нравственного и т.п. Отказываясь вслед за Маркионом разделять сотворившего мир Бога и благого Бога, церковные писатели неизменно подчёркивали единство божественного начала, рассматривали Ветхий и Новый Заветы как взаимосвязанные и дополняющие друг друга исторические формы откровения единого благого и справедливого Бога. Поскольку одно из наиболее фундаментальных заблуждений Маркиона было связано с неверной интерпретацией природы зла и с перенесением вины за существование зла с человека на Бога, в антимаркионовских сочинениях были предложены ранние варианты православной теодицеи, в рамках которой причиной зла признаётся исключительно греховная воля тварных существ. Осуждая мнение Маркиона о том, что источником зла являются тварность, материальность и телесность, православные богословы подчёркивали, что в учении Маркиона оказалось отвергнутым важнейшее содержание христианства – представление о реальном воплощении и вочеловечении Бога, Который ради спасения людей явился в тварном мире как истинный Бог и истинный Человек Иисус Христос.