Иконография святителя складывалась в начале XXI в. в связи с возобновлением его почитания после обретения в 2003 г. его мощей. Первая икона Маркелла была написана в 2004 г. и в настоящее время находится в церкви святителя Филиппа, митрополита Московского, у ковчега с мощами Маркелла. Образ святителя на этой иконе стал основой для последующих его изображений. Исследователи отмечают, что если иметь в виду систему подобий, принятую в русских иконописных подлинниках, облик Маркелла напоминает образ священномученика Власия Севастийского. Святитель представлен в преклонном возрасте, седым, длинные волосы лежат по плечам, узкая, клиновидная борода (на конце разделена на три прядки) опускается до середины груди. Облачён в крещатый саккос, с омофором, на голове митра. В левой руке – жезл (в виде посоха), правой благословляет. Поясная прямоличная фигура святителя показана на фоне бухты Благополучия и стоящего на её берегу Соловецкого монастыря, среди построек которого угадывается Спасо-Преображенский собор. Прямолично, по пояс, на сплошном золотом фоне святитель представлен на иконе, написанной в 2005 г. (Спасо-Преображенский собор Соловецкого монастыря). Он облачён в крещатый саккос, с омофором, голова не покрыта; волосы, расчёсанные на прямой пробор, спускаются волнистыми прядями на плечи. На иконах Собора Соловецких святых образ Маркелла соотнесён с образом святителя Филиппа, митрополита Московского (иконы начала XXI в. в Соловецком монастыре и на его подворьях в Москве, Санкт-Петербурге и др.). Так, например, на иконе «Собор преподобных отец Соловецких чудотворцев» (подворье Соловецкого монастыря в Москве) Соловецкие святые предстоят иконе Преображения Господня; Маркелл показан в рост в левой группе святых в первом ряду, между преподобными Германом и Зосимой Соловецкими, симметрично образу святителя Филиппа, митрополита Московского, изображённого между преподобными Савватием Соловецким и Елеазаром Анзерским. Маркелл – в крещатом саккосе, с омофором, в митре, в руках держит Евангелие. Одежды Маркелла совершенно идентичны одеждам святителя Филиппа, что делает фигуру Маркелла зеркальным отображением фигуры святителя и, таким образом, ставит Маркелла в один ряд с ним. Другую композицию имеет находящаяся там же икона Собора Соловецких чудотворцев, предстоящих Божьей Матери «Одигитрия» в небесном сегменте и перед поклонным крестом. Маркелл – в левой группе святых, первый во втором ряду, диагонально к святителю Филиппу, который изображён в той же группе в первом ряду.