Однако в последующих важных событиях, связанных с обителью, митрополит не участвовал. В 1546 г. о назначении нового архимандрита ходатайствовали православные миряне, а общежитие было установлено в 1549 г. королевской властью. Сложной проблемой для Макария II стало урегулирование отношений между митрополичьей кафедрой, виленским мещанством и православными приходами Вильно. Эти отношения регулировались грамотой митрополита Иосифа II (Солтана) 1511 г., но мещане были недовольны её условиями и старались пересмотреть их в свою пользу. При неизвестных обстоятельствах Макарий II дал мещанам право избирать священников приходских храмов и перемещать их из одного храма в другой. В связи с этим виленское духовенство обратилось к королю, который в январе 1542 г. отменил новшества и был недоволен митрополитом, потому что не следовало, «абы ты священников, богомолцов наших, листы своими записывати, абы кому их в моц их подавати мел» («Акты Западной Руси», том 2). Конфликт был улажен с помощью уставной грамоты короля в 1544 г. В её начальной части подтверждались, в основном, нормы документа 1511 г., предусматривавшие участие представителей городских властей, протоиерея и священников в описи церковного имущества после смерти священника, в избрании нового кандидата или передаче сыну покойного церковного имущества. Вместе с тем некоторые важные условия из грамоты Иосифа II (Солтана) в королевскую грамоту не попали. Так, в документе 1511 г. оговаривалось, что если мещане своевременно («у подобный час») не представят своего кандидата, то они должны принять кандидата, предложенного митрополитом. Это установление в текст королевского решения не вошло. В грамоте 1511 г. также предписывалось мещанам, не довольным своими священниками, «поведати» об этом митрополиту. Отсутствие этого установления в королевском решении давало повод его игнорировать. Таким образом, если виленское духовенство добилось сохранения своего традиционного статуса, то властные полномочия митрополита над виленскими храмами определённо сократились. В заключительной части документа содержался ряд решений, в которых король учёл пожелания мещан. Так, устанавливался размер оплаты за совершение церковных обрядов, а священникам запрещалось принуждать мещан к исповеди и в спорах по мирским делам – к клятвам. Сохранились сведения об участии Макария II в двух важных событиях церковной жизни в Киевской митрополии. Так, исследователям известно, что в 1544 г. на Полоцкого архиепископа Симеона III подала жалобу православная шляхта Полоцкой земли, обвинявшая его в присвоении доходов полоцкого Софийского собора, а также «серебщизны», собранной для ремонта собора, и доходов ряда монастырей. Король постановил, что архиепископ должен возместить ущерб, если же он этого не сделает, вопрос о санкциях по отношению к нему должен рассмотреть Макарий II совместно с чинами рады. Исследователи отмечают, что больше данных сохранилось о другом событии. Когда в 1540 г. произошёл спор между Владимиро-Волынским епископом Геннадием и Полоцким архиепископом Симеоном о том, кто из них должен занимать первое место в духовной иерархии после митрополита, Макарий II обратился к королю, утверждая, что это дело входит в компетенцию духовного суда.