10 января 1549 г. митрополит по просьбе львовского священства подтвердил соглашение Макария (Тучапского) с клиросом от 1539 г., определявшее характер отношений епископа и соборного духовенства. В соглашении указывалось, что, если новый владыка будет нарушать его условия, «покладаем на него клятву святых отец седми Соборов» («Акты Юго-Западной Руси», том 1). Все эти меры не улучшили отношений митрополита с новым Львовским епископом, принявшим постриг с именем Арсений (Балабан). Епископ стал всеми возможными средствами увеличивать свои доходы, прибегая к разным мерам воздействия – и светским, и духовным. В числе прочих от его действий пострадал монастырь святого Онуфрия, находившийся под патронатом православных мещан Львова. За то, что они посещали монастырь «и статков церковных осматривали», епископ отлучил этих мещан от церкви. 20 сентября 1551 г. митрополит приказал епископу Арсению (Балабану) отменить его меры, и конфликт был улажен при участии приехавшего во Львов посла митрополита. Попытки епископа Арсения (Балабана) подчинить своей власти Уневский монастырь привели к длительному противостоянию, и в 1555 г. сам король поручил Макарию II разрешить конфликт. Епископ Арсений (Балабан) не явился на суд, прислав вместо себя сына Василия, а когда решение оказалось неблагоприятным для него, обратился с жалобами к королю. Тот вызвал митрополита на суд, который не состоялся в связи со смертью Макария II. Хотя особые права митрополита по отношению к Львовской епархии были закреплены в ряде документов, и Макарий II пытался их осуществлять, для исследователей остаётся неясным, насколько ему это удалось. Многое зависело от настроений местной православной шляхты, видным представителем которой был епископ Арсений (Балабан). Других епархией, делами которой занимался митрополит, была Туровская. Здесь после смерти князя К.И. Острожского его наследники забирали себе доходы епископства, вызывали на суд духовных лиц и налагали на них штрафы, подвергали наказаниям, присваивали себе право вести бракоразводные дела. Не лучше обстояло дело во владениях Слуцких-Олельковичей. Когда Макарий II по поступившим к нему жалобам вызвал в суд слуцкого архимандрита Никандра, тот к нему не поехал, «места его не вчтил, и служебника его збил и змордовал», о чём митрополит жаловался королю Сигизмунду I («Акты Юго-Западной Руси», том 2). На территории собственно митрополичьей области Макарий II вёл осторожную политику. Одним из важных событий времени его правления стали конфликты в Киево-Печерском монастыре (см. Киево-Печерская лавра), связанные, в частности, с борьбой за установление в обители общежития. В январе 1537 г. во главе обители по ходатайству митрополита был поставлен его брат Яцек (Иакинф). О его деятельности в монастыре исследователям ничего не известно. Ряд серьёзных конфликтов произошёл в обители в правление его преемника Софрония. 25 января 1540 г. Сигизмунд I поручил Макариюя II разобрать споры между монахами и архимандритом. Исследователи полагают, что какое-то соглашение было достигнуто, но затем последовали конфликты ещё более острые, к которым Макарий II отношения не имел. Правда, после низложения Софрония по ходатайству митрополита, а также князей и панов «греческого закона» во главе обители был поставлен архимандрит минского Вознесенского монастыря Вассиан.