Вторая редакция, опубликованная Мануилом Гедеоном на основании «Собрания законов» Иерусалимского патриарха Досифея II Нотары (57 вопросоответов), существенно отличается от первой как по форме, так нередко и по содержанию; в двух рукописях XIV в. авторство ответов в этой редакции приписано Иоанну, митрополиту Халкидона (известен как участник Константинопольских синодов 1191–1192 гг.). Сопоставив обе редакции, Венанс Грюмель пришёл к выводу, что Марк III лично участвовал в обсуждении заданных им вопросов на Константинопольском синоде в феврале 1195 г. под председательством патриарха Георгия Ксифилина. На Синоде были рассмотрены и подготовленные митрополитом Иоанном Халкидонским ответы. Не все из них были одобрены Синодом (поэтому вторая редакция не имеет официального предисловия), и составление окончательной редакции было поручено патриарху Феодору IV Вальсамону, который не только отредактировал ответы, но и вопросам Марка III придал более точные формулировки, объединив близкие по тематике. Первым по порядку и ключевым был вопрос Марка III о правомерности использования литургий апостолов Марка и Иакова в богослужении соответственно Александрийской и Иерусалимской церквей. В ответе подчёркивается недопустимость этих локальных литургических традиций и выдвигается требование их унификации согласно обрядам Константинопольской церкви, где употреблялись литургии святителей Иоанна Златоуста и Василия Великого. По свидетельству Феодора IV Вальсамона, Марк III, находясь в Константинополе, хотел отслужить совместно с ним и патриархом Георгием Ксифилином литургию апостола Марка, однако не получил на это разрешение. Несмотря на широкие бытовые контакты египетских мелькитов и коптов, между общинами продолжалась богословская полемика. Предположительно ко времени патриаршества Марка III исследователи относят заключительную фазу кризиса в Коптской церкви, связанного с деятельностью харизматичного проповедника и реформатора Марка ибн аль-Кунбара. Встретив жёсткое неприятие со стороны коптского священноначалия, он со своими сторонниками перешёл в юрисдикцию Александрийской православной церкви, однако впоследствии конфликтовал и с мелькитской иерархией и был сослан патриархом в монастырь Кусайр. Проповедь Ибн аль-Кунбара вызвала ответную реакцию коптских богословов. Так, митрополит Дамиетты Михаил составил полемический трактат во утверждение традиций Коптской церкви, отличающих её от «еретических» исповеданий, под которыми, в первую очередь, подразумевалось исповедание мелькитов.