На рубеже V и VI вв., при императоре Анастасии I (491–518 гг.), рядом с храмом была сооружена большая цистерна, называемая «цистерна Мокия». Храм был серьёзно реконструирован в VI в., при императоре Юстиниане I (527–565 гг.), но на второй год правления императора Льва III Исавра (717–741 гг.) здание обрушилось. Исследователям известна городская легенда, будто император Лев III Исавр разрушил некие статуи (в частности, статую под названием Тризодон, изображавшую трёх животных (зодиакальные знаки?)), находившуюся в подземных помещениях храма, где, как полагают исследователи, проводились астрологические вычисления. Исследователи полагают, что здание простояло в полуразрушенном виде до второй половины IX в., когда было вновь отстроено при императоре Василии I Македонянине (867–886 гг.). Скорее всего, как полагают исследователи, после этой реконструкции Мокион был преобразован в монастырь, известный из дальнейшей истории Константинополя; многие императоры Македонской династии и династии Комнинов делали вклады в эту обитель. 11 мая 903 г. в храме произошло покушение на императора Льва VI Мудрого (886–912 гг.): некий злоумышленник ударил императора по голове и ранил его. Мокион неоднократно упомянут в трактате императора Константина VII Багрянородного (913–959 гг.) «О церемониях византийского двора» (в тексте изложен и порядок процессии в день Преполовения Пятидесятницы, когда императоры посещали эту церковь). Подробных описаний храма не сохранилось, но по косвенным сведениям исследователи сделали вывод, что это была очень большая и богато украшенная постройка. Когда Никита Хониат (ум. в начале XIII в.) хочет подчеркнуть величие храма архангела Михаила в городе Хоны, он пишет, что храм во имя архангела превосходил красотой храм во имя Мокия. Мокион около 1200 г. посетил русский паломник Антоний, архиепископ Новгородский. Он поклонился мощам священномученика Мокия и покоящимся рядом мощам преподобного Сампсона Страннопримца. Однако Стефан Новгородец, побывавший в Константинополе около 1350 г., уже не упоминает этот храм. Его судьба при крестоносцах, захвативших Константинополь в 1204 г., исследователям неизвестна, скорее всего, как полагают исследователи, они его разграблили и разрушили. При императоре  Иоанне V Палеологе (1341–1391 гг.) обломки Мокиона использовались для починки городских стен.