По мнению исследователей, Леонтий ясно высказал свои убеждения, посвятив во диакона Аэция. Однако его рукоположение как вредный для церкви акт обличили аскеты Флавиан Антиохийский (около 320 – 404 гг.) и Диодор Тарсийский (305/310 – до 394 гг.), пригрозив архиепископу, что община омоусиан (никейцев) прекратит евхаристическое общение с Антиохийской церковью, а также объявят христианскому миру о его действиях, обратившись на Запад империи. Такая угроза на Леонтия оказала действие, и, желая сохранить общение с православными, он запретил Аэцию священнодействовать. Вместе с тем покровительствовать ему не прекратил, а также не запретил проповедовать среди народа. Филосторгий рассказывает, что впоследствии Леонтий спас Аэцию жизнь, опровергнув на суде у императора Галла (351–354 гг.) выдвинутые против Аэция ложные обвинения. Те же Диодор и Флавиан для поддержания энергии между православными устраивали за городом, при гробах мучеников, частые богослужебные собрания и там пели антифонно псалмы. Эти богослужения стали популярными. Леонтий для поддержания единения пригласил их совершать свои всенощные в церкви. Те не отказались и таким образом фактически заявили о своём общении с арианским епископом. Но Леонтий чувствовал, что это положение дел было непрочным и, касаясь своей седой головы, часто говорил: «Когда растает этот снег, то много будет грязи». Когда в 356 г. в Антиохию прибыл низложенный и изгнанный из Александрии Афанасий I Великий (около 298 – 373 гг.), он вступил в общение не с Леонтием и доминирующей партией, а с ортодоксальным меньшинством (евстафианами), которые отказывались признать любого другого епископа, пока свергнутый Евстафий был жив, и который служил в частных молельных домах. Престарелый Леонтий обвинил Афанасия Великого в трусости и бегстве из собственной церкви. Афанасия насмешка глубоко уязвила, поэтому он в ответ на неё написал свою апологию «Защитительное слово о бегстве своём» и всегда говорил о Леонтии с горечью, изредка отпуская оскорбительный эпитет «кастрированный» (именно Афанасий обвиняет Леонтия в преступных отношениях с Евстолией). Осуждение Леонтия от столь великого человека, как Афанасий безвозвратно подорвали образ Леонтия в оценках последующих авторов. Так мягкость и умеренность архиепископа Феодорит Кирский выдаёт за двуличность, называя его «человеком с умом коварным, опасным, как подводные камни», ставя Леонтия в один ряд с его нечестивыми предшественниками Стефаном I и Флакиллом (332–342 гг.). Тем не менее, как полагают исследователи, мягкость и умеренность Леонтия были не просто лицемерием. Отмеченная Феодоритом его терпимость к оппонентам и осторожность в политике, в большой степени свидетельствуют о его благоразумности и порядочности. Именно в годы правления Леонтия Флавиан и Диодор ввели антифонное пение в Антиохии, которое нашло поддержку в его лице (по его воле антифонное пение стали применять в антиохийских церквах, а вскоре этот обычай распространился по всей империи). По просьбе Леонтия, который заботился не столько о христологических проблемах, сколько о сохранении мира в Антиохии, община никейцев вновь стала собираться в церквах, а не за городом на кладбищах, как делала это ещё недавно. Скончался архиепископ в конце 357 или начале 358 г. Афанасий Великий в 358 г. в «Истории ариан», говорит о нём как о ещё живом, но, видимо, новости тогда ещё не достигли Афанасия. После смерти Леонтия епископ Цезарии Германики Евдоксий с помощью сподвижников переводится в Антиохию и занимает там кафедру (358–359 гг.). Из множества сочинений Леонтия не сохранилось практически ничего, за исключением небольшого фрагмента в «Молитве о страстях Вавилиных», (цитируется в «Пасхальной хронике», в примечании описывающем гонения Деция), в котором говорится, что император Филипп I Араб (244 – 249 гг.) и его жена Марция Отацилия Севера были христиане.