В 1880 г. он представил в совет Казанской духовной академии диссертацию на степень магистра богословия, под заглавием «Исторический обзор пастырской, учительской, руководительной и религиозно-воспитательной деятельности в христианстве». Но эта диссертация, наполненная массой ссылок на учёных богословов Западной церкви, не была одобрена академической конференцией на том основании, что она проникнута рационалистическим направлением и содержит в себе неправославное, заимствованное у Эдуарда Гиббона, учение о происхождении церковной иерархии. После этой неудачи И.Г. Люцернов оставался преподавателем в Тобольской семинарии лишь до её ревизии, произведённой ревизором Сергеем Иринеевичем Миропольским. Уволенный от педагогической деятельности в 1884 г., он хотел было поступить на епархиальную службу в Саратовской губернии, но не принятый там, уклонился в том же году в раскол из-за материальных выгод и стал  старообрядческим священником в Саратовской губернии. В 1885 г., при обыске одного дома крестьянина деревни Нечаевки, Вольского уезда, И.Г. Люцернова застали за совершением им литургии по старообрядческому обряду. Не лишая сана, Синод отправил его на покаяние в Суздальский Спасо-Евфимиев монастырь, где он должен был находиться под строгим надзором. Но И.Г. Люцернов пробыл здесь недолго: в 1886 г. он, при содействии старообрядцев, бежал из монастыря и, несмотря на принятые к поимке меры, не был найден. После этого побега И.Г. Люцернов был лишён сана и исключён из духовного звания; но это обстоятельство его нисколько не смутило, напротив, он почувствовал себя свободнее и увидел, что может безбоязненнее отдаться своей деятельности среди старообрядцев раскольников, в качестве священника. Поселившись в Саратове, он отправлял разные требы и богослужение не только в Саратове, но и в уездах Саратовской и Самарской губерний. Из Саратова он вскоре переселился в Самару, где и скончался И.Г. Люцернов напечатал статью: «Самостоятельность церковноприходских общин в древней Руси» («Самарские епархиальные ведомости», 1769 г., №6), а после смерти несколько его статей были помещены в журнале «Старообрядец».