Отказавшись от назначения на Трирскую архиепископскую кафедру, Лиудгер переселился в Вестфалию и около 793 г. основал там монастырь в Мимигернафорде, впоследствии получивший название Мюнстер. В 799 г. построил также аббатство Верден. Исследователи полагают, что Мюнстер должен был стать центром деятельности миссионеров, а Верден – резиденцией Лиудгера. О быстром росте земельных владений обоих монастырей свидетельствуют грамоты 793–799 гг., в которых упоминаются 15 земельных дарений, ставших основой будущего процветания Вердена и Мюнстера. В этот период Лиудгер проповедовал среди восточных саксов. В 798 г. принял участие в походе Карла Великого в Хельмштедт, а затем присутствовал на королевском собрании в Миндене. Для более эффективной миссии среди саксов в Мюнстере была основана епископская кафедра. 30 марта 805 г. в Кёльне Лиудгер принял рукоположение от архиепископа Хильдебольда (787–818 гг.). Впервые он упоминается как епископ в грамоте, датированной 23 апреля 805 г. Лиудгер скончался в Биллербекке близ Мюнстера, окружённый учениками. По свидетельству Альтфрида, племянника святого, Герфрид увидел в небе «яркий свет, похожий на огонь». Миссионер завещал похоронить его в монастырской церкви Спасителя, Пресвятой Девы Марии и апостола Петра в Вердене, но по желанию народа (populus… vehementer resisteret) тело святого было доставлено в собор Пресвятой Девы Марии в Мюнстере. Только через месяц, после совещания Хильдегрима с императором Карлом Великим, было решено исполнить завещание епископа и похоронить его в Вердене, на земле, подаренной ему некими Снельхардом и Вальфридом. 26 апреля 809 г. гроб с телом Лиудгера был торжественно доставлен в Верден и похоронен рядом с монастырской церковью. Впоследствии мощи святого были перенесены в храм. Почитание Лиудгера началось вскоре после его смерти и получило широкое распространение в IX–XI вв. Источники содержат сведения о мощах святого, находившихся в Вердене, и об их частицах, хранившихся в других местах. Так, 14 октября 889 г. в связи со строительством новой монастырской церкви состоялось перенесение мощей Лиудгера; во второй половине Х в. аббат Адальвиг поместил святыню в новой крипте, а в середине XI в. мощи были перенесены в главный храм. Частицы мощей Лиудгера хранились в церкви святой Маврикия в Мюнстере, в монастыре Абдингхоф в Падерборне (с XII в.) и в других местах.