В том же году Ираклий Лисовский выступил с инициативой разделения Римско-католической духовной коллегии на два отдела – латинского и восточного обрядов. 16 июня 1805 г. императорским указом в Римско-католической духовной коллегии был учреждён Греко-униатский департамент, который возглавил Ираклий Лисовский. 24 июля 1806 г. императорским указом в униатской церкви была восстановлена митрополия, на которую был назначен Ираклий Лисовский с титулом «митрополит Киевский, Галицкий и всея Руси», но без определения места пребывания кафедры. В состав митрополии были включены Полоцкое архиепископство, Луцкое и Брестское епископства, в которых насчитывалось около 1400 униатских приходов. Ираклий Лисовский стремился добиться утверждения своего титула Папским престолом, однако из-за политических причин и отказа Ираклия Лисовского от управления униатами Галиции, входившей в состав Австрийской империи, папа Римский Пий VII не признал за Ираклием Лисовским титул митрополита. Папской буллой «In universalis Ecclesiae regimine» от 22 февраля 1807 г. была учреждена униатская Галицкая митрополия с центром во Львове, ставшая преемницей так называемой Русской митрополии. Ираклию Лисовскому удалось заключить соглашение с председателем Римско-католической духовной коллегии католическим Могилёвским архиепископом Станиславом (Богушем-Сестринцевичем); по этому соглашению все униаты, перешедшие с 1798 г. в латинский обряд, должны были вернуться в униатскую церковь (утверждено сенатом в 1810 г.). Из-за отсутствия фиксированного местопребывания митрополичьей кафедры резиденция митрополита и консистория митрополии сначала находились в Онуфриевском монастыре. В 1806 г. Ираклию Лисовскому удалось изъять из ведения Ордена василиан Софийский собор в Полоцке, при котором располагался василианский монастырь. 16 декабря 1806 г. был издан императорский указ о передаче здания полоцкого Софийского монастыря Полоцкому архиепископу. В начале 1807 г. в бывшем василианском монастыре Ираклий Лисовский открыл Полоцкую униатскую духовную семинарию, которая стала единственным местом по подготовке униатского духовенства, а также перенёс в Полоцк митрополичью консисторию. Желая разделить митрополию и Полоцкое архиепископство, Ираклий Лисовский составил проект перенесения центра митрополичьей епархии и митрополичью консисторию в Вильну (утверждён императорским указом от 14 февраля 1809 г.), однако митрополичья кафедра была перемещена из Полоцка в Вильну уже после смерти Ираклия Лисовского. Он был похоронен в селе Струнье близ Полоцка, где находилась митрополичья резиденция. Ираклий Лисовский был награждён орденами святого Станислава, княхя Александра Невского и святого Владимира.