Таким образом, Ираклий Лисовский фактически возглавил униатскую церковь в России, а также Орден василиан, для управления которыми 19 января 1796 г. им была создана специальная консистория. Несмотря на протесты василиан, Папский престол ввиду сложных обстоятельств утвердил полномочия Ираклия Лисовского в отношении Ордена. С 1796 г. архиепископ совершал визитации василианских монастырей, назначал их настоятелей. В 1796 г. с разрешения императрицы Екатерины II Ираклий Лисовский провёл визитацию униатских приходов в украинских губерниях. В это время началось массовое присоединение униатов к православной церкви, но часть униатов стали переходить в латинский обряд, что позволяло им оставаться в католической церкви. Однако Ираклий Лисовский не одобрял переход униатов в латинский обряд. Он распространил среди униатского духовенства послание, в котором призвал не чинить препятствий в соединении с православной церковью. Это вызвало недовольство части духовенства и мирян. 28 апреля 1798 г. император Павел I восстановил ранее упразднённые Луцкое и Брестское униатские епископства, сохранив полномочия Ираклия Лисовского как главы униатской церкви в Российской империи. Несмотря на обращения к императору с жалобой на бедственное положении униатов, архиепископу не удалось добиться положительных результатов. Одним из путей выхода из сложившейся ситуации, с точки зрения Ираклия Лисовского, было воссоединение Русской православной и Римско-католической церквей; с этими идеями Ираклий Лисовский обращался к папе Римскому Пию VII (1800–1823 гг.) и просил его начать переговоры с императором Павлом I, пользуясь благосклонностью императора к католицизму. В рамках подготовки проекта по воссоединению церквей Ираклий Лисовский усилил деятельность по приведению обрядов униатской церкви в соответствие с византийским обрядом православной церкви, удаляя из них все латинские элементы, что было негативно воспринято василианами и значительной частью униатского духовенства. Ввиду противостояния между василианами и Ираклием Лисовским в 1802 г. была ликвидирована Белорусская провинция Ордена, монастыри которой были подчинены протоархимандриту Литовской провинции, однако в 1804 г. Ираклию Лисовскому удалось добиться решения правительства о подчинении монастырей бывшей Белорусской провинции Полоцкому архиепископу. В 1802–1803 гг. Ираклий Лисовский совершил поездку в Палестину, чтобы познакомиться с жизнью восточных православных церквей (это вызвало недовольство Папского престола). После возвращении Ираклию Лисовскому стало известно об очередном массовом переходе униатов в латинский обряд, в связи с чем он отправил императору Александру I доклад, на основании которого 4 июля 1804 г. император запретил переход униатов в латинский обряд, а 12 июля в Римско-католическую духовную коллегию (см. ст. Департамент духовных дел иностранных исповеданий) были введены униатские епископы и по три представителя униатского духовенства от каждой епархии.