1 сентября в Успенском соборе в присутствии царя и царицы Логгин был расстрижен: его остригли, сняли с него однорядку и кафтан. В исступлении Логгин плевал в алтарь, затем снял рубашку и бросил её в лицо патриарху. Расстриженного протопопа волокли по земле до московского в честь Богоявления мужского монастыря, где он был заключён в темницу. Позднее наказание Логгина старообрядцы истолковали чудесным образом. Аввакум так описал эпизод с рубашкой: «И – о чудо! – растопырилась рубашка и покрыла на престоле дискос, будто воздух». Логгин страдал в темнице от холода, но Господь послал ему шубу и шапку. Когда стрельцы доложили Никону об этом чуде, тот, не поверив, рассмеялся, велел отнять шапку, шубу оставил. 14 сентября Логгин был отослан в родное село в муромских пределах под наблюдение отца с объявлением, чтобы его не почитали ни протопопом, ни священником. После осуждения Логгина о его возвращении в Муром просили Рязанского архиепископа Мисаила жители города. Они называли протопопа «мужем учительным», проповедовавшим Слово Божие и обличавшим «церковных мятежников». Просьба была оставлена без ответа. В августе-сентябре 1653 г. были наказаны и другие боголюбцы, выступившие против действий Никона. После столкновения с патриархом на Соборе в июле 1653 г. Иоанн Неронов был арестован, вскоре лишён сана и 13 августа сослан в Спасо-Каменный в честь Преображения Господня монастырь, в августе подвергся расстрижению Даниил, в сентябре был сослан в Сибирь Аввакум. Из ссылки Иоанн Неронов написал два послания царю Алексею Михайловичу (от 6 ноября 1653 г. и 27 февраля 1654 г.), в которых просил за своих «заточенных, поруганных, изгнанных» сторонников. Царь через Стефана Вонифатьева передал повеление, чтобы Иоанн Неронов больше к нему не писал. 2 мая 1654 г. Иоанн Неронов отправил послание царице Марии Ильиничне, прося её ходатайствовать перед государем за невинно пострадавших «отца епископа Павла (Коломенского) и братию: Даниила, протопопа костромского, и Аввакума, протопопа юрьевского, и Логгина, протопопа муромского». Письмо не имело последствий. 13 июля 1654 г. Логгин тайно встретился в Вологде с Иоанном Нероновым, который отправлялся в ссылку в Кандалакшский в честь Рождества Пресвятой Богородицы монастырь. Вскоре Логгин скончался. У старообрядцев он почитается как священномученик (память 22 сентября/5 октября).