Исследователям понятно, почему в такой ситуации Андрей Юрьевич не стал защищать Леонтия II. Ни владимиро-суздальское, ни киевское летописание не сообщают, когда и почему Леонтий II вернулся на кафедру. Это случилось не позднее 1161 г., как думают исследователи, в связи с решением нового митрополита Феодора, прибывшего в Киев в августе 1160 г. Исследователям неизвестно, где оставался Леонтий II в месяцы изгнания: в Киеве или, быть может, в Чернигове у епископа Антония, другого ставленника митрополита Константина. Однако и на этот раз пребывание Леонтия II рядом с князем Андреем Боголюбским было недолгим. Исследователи отмечают, что хронология последующих событий в летописях сбивчива, но поддаётся восстановлению. В 1161 г. Леонтий II оказался снова изгнан, уже по воле самого Андрея Боголюбского. Изгнанию подверглись также младшие братья Андрея Боголюбского, его старшие племянники, а также приближённые отца, и это заставляет исследователей догадываться, что Леонтий II либо связался с оппонентами князя в его семействе (традиционалистами-противниками новаторства Андрея Боголюбского), либо (что, по мнению исследователей, вероятнее) просто встал на защиту изгоняемых по праву печалования. Вскоре, зимой 1161/1162 гг., князь вернул епископа, но подверг опале, не дав ему жить в суздальской резиденции, поблизости от княжеского Владимира, а удалив в Ростов, на старую кафедру, где у епископа не было тогда даже собственного храма (кафедральный Успенский собор сгорел в 1160 г.). Относительное примирение длилось всего четыре месяца. Продолжение конфликта связано с церковно-дисциплинарным спором, который на Руси получил по имени Леонтий II громкое название «леонтианская ересь». Незадолго до Пасхи 1162 г. Андрей Боголюбский «нача просити» у Леонтия II «от въскресения Христова (Пасхи) до всих святых (первого воскресенья послде Троицы) ести мяса и в среду и в пяток. Епископ же повеле ему одину неделю порозную (Пасхальную, Светлую седмицу) ести мяса в среду и в пяток, а прочею добре хранити» («Полное собрание русских летописей», том 2). Из этого сообщения, равно как и из последующих событий, исследователи сделали вывод, что восстановление канонического порядка в Русской церкви, нарушенного незаконным с точки зрения Константинополя святительством митрополита Климента Смолятича, сопровождалось также и мерами по ликвидации частных расхождений русского церковного обихода с византийским. На Руси привыкли к тому, что по великим, Господским и Богородичным, праздникам, если они приходились на среду или пятницу, обычный для этих дней пост «разрешался», т.е. отменялся. О восстановлении такой практики и ходатайствовал князь, трактуя всю Пятидесятницу как сплошной праздник. Епископ настаивал на практике, принятой в константинопольской Великой церкви. Обычай самой Византийской церкви не был единым, различаясь в столице и, например, в афонских монастырях. В публичных («предо всеми людми») прениях, которые князь устроил по вопросу о постах, Леонтий II был побеждён неким Феодором (Феодорцем), княжеским любимцем и, очевидно, духовником. Леонтий II продолжал стоять на своём, и последовало очередное, третье изгнание. Изгнанник искал правды в Киеве, у митрополита, но в живых его не застал: митрополит Феодор скончался примерно в мае 1162 г. Прибывший в 1163 г. митрополит Иоанн IV принял сторону Леонтия II.