Здания монастыря Константина Липса исследователи называют важнейшим источником для понимания истории развития архитектуры и искусства средне- и поздневизантийского периодов, поскольку оба памятника имеют точные датировки. Сохранилось достаточно много архитектурно-археологических свидетельств, а также деталей скульптурного убранства внутри церквей (in situ). Некоторые редкие детали декора (фрагменты мозаики, керамики, малых архитектурных форм литургического назначения, например, амвона), обнаруженные во время реставрационных работ в 1960 гг., хранятся в Археологическом музее и в музее Святой Софии в Стамбуле. Северная церковь построена в 907/908 г. на остатках древнего святилища VI в. Исследователи отмечают, что здание имеет характерные черты архитектуры средневизантийского периода, времени правления Македонской династии. В плане она представляет собой греческий крест. Над средокрестьем – купол, опиравшийся первоначально на четыре свободно стоявшие колонны (заменены на столбы в 1633, 1636 гг.; во время пожара был также повреждён купол). Образовавшиеся в углах четыре компартимента прямоугольной формы были увенчаны куполами. На уровне галереи эти архитектурные пространства образовывали четыре маленькие капеллы, доступ в которые (по крайней мере, в две восточные, над пастофориями) осуществлялся по внешним балкончикам. С восточной стороны – три гранёные снаружи и полукруглые внутри апсиды. По сторонам боковых апсид располагались две небольшие капеллы-пастофория (северная сохранилась на археологическом уровне; южная включена в состав церкви святого Иоанна Крестителя). Нартекс церкви состоит из нескольких ячеек, перекрытых крестовыми сводами; короткие северная и южная стороны нартекса имеют полукруглое завершение (исследователи отмечают, что аналогичное решение было использовано в придворном храме монастыря Мирелейон в Константинополе, созданном в одно время с северной церковью монастыря Константина Липса). В верхнем ярусе нартекса также была предусмотрена галерея, подъём на которую осуществлялся по внешней деревянной лестнице, установленной с южной стороны храма. Исследователи отмечают, что небольшой размер здания и наличие капелл на уровне галереи подтверждают общую тенденцию, свойственную храмовому зодчеству средневизантийского периода: тяготение к малому или среднему масштабу церковных построек, наличие угловых компартиментов, богатый декор. Эти черты являются выражением архитектурных предпочтений византийской аристократии, которая с этого времени обретает всё большую силу. Данная тенденция усилится в поздневизантийскую эпоху. В случае с монастырём Константина Липса (как и с другими монастырскими комплексами) размер монастыря должен был соответствовать количеству людей, составлявших монастырскую общину. Исследователи отмечают, что пятиглавие северной церкви указывает на существование определённой архитектурной типологии и позволяет исследователям сравнить её с церковью Неа-Экклисия (876–881 гг.), возведённой императором Василием I Македонянином при Большом дворце в Константинополе.