Леонтий никогда не прерывал связей с Санкт-Петербургской духовной семинарией. 4 марта 1884 г. возглавил литургию Василия Великого в семинарском храме по случаю 75-летнего юбилея духовной школы. 18 декабря 1888 г. в Санкт-Петербурге возглавил чин освящения новой церкви во имя апостола Иоанна Богослова при семинарии в сослужении протоиереев Алексия Парвова (председатель Учебного комитета) и Николая Розанова (ректор). На освящении присутствовали обер-прокурор Константин Петрович Победоносцев, министр народного просвещения граф Иван Давыдович Делянов, управляющий канцелярией Синода Владимир Карлович Саблер. Леонтий (Лебединский) особо почитал евангелиста Иоанна, который, по его словам, «явил нам высокий образец деятельной любви…, можно сказать, дышал любовью», а его послания «преисполнены силы и чувства», поскольку «оправданы собственной деятельностью». В сборнике его проповедей и речей опубликованы восемь Слов на этот праздник, произнесённых преимущественно в семинарской церкви Каменец-Подольска (больше чем на какое-либо другое торжество). 11 сентября 1892 г., незадолго до кончины, Леонтий (Лебединский) вместе с митрополитом Иоанникием (Рудневым) возглавил в Троицком соборе Александро-Невской лавры чин отпевания митропол Исидора (Никольского). 17 ноября 1891 г. именным указом императора Александра III Леонтий (Лебединский) был назначен на Московскую кафедру с возведением в сан митрополита. «С одной стороны, рад я, что еду в православную Москву. Вся жизнь моя прошла на чужбине, среди иноверцев, – признавался Леонтий, – с другой – чувствую, что я еду сюда уже умирать». 1 декабря 1892 г. в варшавском соборе в присутствии главного начальника Привислинского края генерал-адъютанта И.В. Гурко прошло прощание Леонтия (Лебединского) с холмско-варшавской паствой. 17 декабря того же года, в день памяти митрополита Московского святителя Петра, Леонтий (Лебединский) совершил торжественное «вшествие» в Успенский собор Московского Кремля, а 9 января 1892 г. – первое богослужение в Троице-Сергиевой лавре, где пребывал с 8 по 12 января и произнёс Слова о значении монашества и преподобного Сергия Радонежского. По инициативе митрополита в Московской духовной академии был расширен и 20 сентября 1892 г. освящён академический храм. 25 сентября того же года Леонтий (Лебединский) принимал участие в праздновании 500-летия со дня кончины Сергия Радонежского, составил программу торжеств, организовал крестный ход из Москвы в Троице-Сергиеву лавру. На средства Леонтия (Лебединского) были опубликованы том «Трудов Московской духовной академии», посвященный Сергию Радонежскому, и фототипическое издание рукописи Нового Завета (XIV в.), приписываемой Московскому митрополиту Алексию. Также Леонтий (Лебединский) пожертвовал значительную сумму Братству преподобного Сергия Радонежского при Московской духовной академии.