В селе Лесна, где 31 мая 1881 г. Леонтий освятил Крестовоздвиженский храм – бывший собор паулинского монастыря, в 1885 г. была основана женская община (см. Леснинский Богородицкий женский монастырь). В Яблочне Бельского уезда Холмской губернии и Лесне были открыты приюты. В 1894 г. в молитвенную память о Леонтии (Лебединском) архиепископом Флавианом (Городецким) был основан Вировский во имя Всемилостивого Спаса женский монастырь, куда переселилась часть сестёр из Лесны. В сфере духовного образования Леонтий (Лебединский) начал с координации деятельности трёх духовных учебных заведений епархии: Холмских духовной семинарии и школы причётников и Варшавского духовного училища; построил здание Холмской духовной семинарии с домовой церковью во имя Леонтия Ростовского (освящена 9 сентября 1890 г.), преобразовал школу причётников в духовное училище; планировал перевести семинарию в Варшаву. В 1885 г. по случаю 25-летия служения Леонтия (Лебединского) в архиерейском сане на средства служащих Холмской семинарии для домовой церкви в московской мастерской Кондратьева была написана икона Леонтия Ростовского – список с иконы Павла Фёдоровича Плешанова для московского храма Христа Спасителя. В 1889 г. Леонтий организовал Леонтиевское попечительство о бедных воспитанниках Холмской духовной семинарии, которое помогало пособиями беднейшим ученикам и подъёмными деньгами наименее обеспеченным выпускникам. Поддерживать попечительство Леонтий продолжал, находясь и на Московской кафедре: в 1892–1893 гг. он наряду с Иоанном Кронштадтским (Сергиевым) внёс 200 руб., самое большое пожертвование. При Леонтии увеличилось число церковноприходских школ и начальных училищ; были восстановлены древние православные братства: Замостьское с приютом (учреждено в 1606 г.; возобновлено 9 мая 1877 г.) и Холмское Богородицкое (восстановлено в 1879 г.; в 1884 г. организовало выпуск «Холмского народного календаря» и ряда популярных изданий). 1 сентября 1877 г. началось издание «Холмско-Варшавского епархиального вестника» (первоначально выходил два раза, с 1899 г. – четыре раза в месяц). В целом служение на Холмской кафедре Леонтий называл «испытанием, и притом тяжёлым». 26 сентября 1881 г. императорским указом Леонтий был введён в число присутствующих на заседаниях Синода. В таком качестве он участвовал в коронационных торжествах 15 мая 1883 г. и в тот же день был возведён в звание члена Синода. В 1882 г. под председательством Леонтия (Лебединского) была учреждена особая Синодальная комиссия, которая разработала положение о церковноприходских школах, утверждённое в 1884 г. Планировалось изучать Закон Божий, церковнославянский и русский языки, арифметику, церковное пение. Преподавать в школах могли причётники, выпускники семинарий, выпускницы епархиальных женских училищ. Открывались также годичные школы грамотности и образцовые начальные школы при семинариях. 24 января 1883 г. Леонтий (Лебединский) стал членом Комиссии для пересмотра проекта «Устава Православных Духовных Академий», вместе с архиепископом Тверским Саввой (Тихомировым) составлял проект нового устава (утверждён императором 20 апреля 1884 г.) и обновлённой редакции «Устава Православных Духовных Семинарий» (вступил в силу 22 августа 1884 г.).