Трактат «О ересях» состоит из десяти деяний. Первое деяние открывается определением философско-богословских терминов, проводится различие между употреблением их у «философов» (очевидно, языческих) и у церковных авторов. Здесь затрагивается вопрос об индивидуальных сущностях (понятие, широко употребляемое в неоплатонизме и у комментаторов Аристотеля) и проводится различие между понятиями индивидуальных акциденций и ипостаси (или лица): «...Церковные [авторы] не именовали индивидуальные акциденции ни ипостасью, ни лицом». По мнению исследователей, это свидетельство того, что у православного богослова VI в. индивидуальные акциденции, которые, вероятно, соответствуют ипостасным особенностям, не отождествляются с ипостасью (задолго до полемики с иконоборчеством, где это положение будет принципиально важным для Феодора Студита в защите иконопочитания). Исследователи полагают, что в данном месте сочинения «О ересях» автор, отказываясь от отождествления ипостаси (лица) с ипостасными особенностями, вместе с тем отказывается отождествлять её и с «индивидуальной сущностью», понятие которой он оставляет внешним философам. Далее, полемизируя с тритеизмом Филопона, он отвергает как отождествление ипостаси с сущностью, так и само понятие «частной сущности», равнозначное ипостаси, считая мышление в этих понятиях непреодоленным аристотелизмом. В целом автор последовательно проводит различие между сущностью и природой как общим, с одной стороны, и ипостасью и лицом как единичным – с другой. Сущность в совокупности с акциденциями не тождественна ипостаси (все эти положения исследователи считают принципиальными в полемике как с несторианами, так и с тритеитами). Скрытая полемика с тритеизмом начинается уже с первого деяния при изложении троического догмата, в котором подчёркивается, что три Ипостаси Троицы не следует мыслить по аналогии с тремя людьми. В пятом деянии Леонтий Схоластик обращается непосредственно к полемике с Иоанном Филопоном, что говорит в пользу единства авторства этих частей трактата. В описании ересей прошлого Леонтий Схоластик следует отчасти Леонтию Византийскому, отчасти Епифанию Кипрскому, на которого он ссылается во втором деянии. В позиции автора трактата «О ересях» исследователи видят особенности по сравнению со взглядами других авторов-халкидонитов VI в. В изложении церковной истории он называет Феодора Мопсуестийского «великим мужем» и считает его заслугой борьбу с ересями Ария, Константинопольского епископа Македония I и Аполлинария Лаодикийского (Младшего). В полемике с монофизитами, которые ставили в вину Халкидонскому собору участие в нём антиохийцев, некогда споривших с Кириллом Александрийским, он неоднократно защищает антиохийцев, особенно Кирского епископа Феодорита. В изложении христологического учения Леонтий Схоластик, По мнению исследователей, ближе к Антиохийской школе с её акцентом на двух природах во Христе, чем к Александрийской с акцентом на единстве Ипостаси Логоса воплощённого (см. ст. Богословские школы древней церкви). Лучше всего эту близость к антиохийской традиции исследователи видят в изложении ереси агноитов.